数据集概述
本数据集包含五个新发现的自由生活后鞭毛虫(BaSk进化枝)的高质量基因组草图、转录组和预测蛋白质组数据。通过系统基因组学分析揭示其线粒体相关细胞器(MROs)蛋白组极度简化,部分物种甚至丢失线粒体功能,为研究自由生活生物线粒体丢失机制提供关键资源。
文件详解
- 文件名称:dryad.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:压缩包内包含BaSk_clade_genome_genes文件夹(含各物种基因组.fsa、基因模型.fasta和.gff3文件)、alignments_hmm文件夹(含序列比对和HMM谱文件)等补充数据集,覆盖Skoliomonas litria等五个物种的分子数据
- 文件名称:README.md
- 文件格式:MD
- 字段映射介绍:包含数据集描述、文件结构说明,详细列出BaSk进化枝基因组、基因模型、比对结果、HMM谱及补充数据集的内容和组织方式
数据来源
Dryad数据库(对应论文:Extreme mitochondrial reduction in a novel group of free-living metamonads)
适用场景
- 真核微生物进化研究:分析BaSk进化枝线粒体减少的分子机制及自由生活生物线粒体丢失的进化路径
- 基因组功能注释:利用基因模型和蛋白质组数据研究后鞭毛虫MROs相关基因的功能及丢失模式
- 系统发育分析:基于基因组和转录组数据构建BaSk进化枝与其他后鞭毛虫的系统发育关系
- 水平基因转移研究:探究SUF-like铁硫簇通路的获取对线粒体功能丢失的影响机制
- 生物信息学方法验证:使用比对数据和HMM谱开发真核微生物细胞器简化的预测工具