多基因座物种树估计方法评估数据集

数据集概述

本数据集围绕多基因座物种树估计方法评估展开,包含基因树、序列数据、模拟与生物数据压缩包及说明文档,用于研究不完全谱系分选(ILS)对物种树准确性的影响,对比MP-EST、串联法等方法的性能。

文件详解

  • 文件名称: README_for_sequencedata.alignments:文本文件,提供序列数据相关说明
  • 文件名称: README_for_genetrees.genetrees:文本文件,说明基因树数据(含bootstrap重复)
  • 文件名称: README_for_simulated-mammals.zip.txt:文本文件,模拟哺乳动物数据压缩包说明
  • 文件名称: simulated-mammals.zip:压缩包,含不同ILS水平的子压缩包,内有[gene id].[alignment length]-BestML.tre(RAxML最佳ML树)和[gene id].[alignment length]-bp.MLBS.gz(200次bootstrap结果)
  • 文件名称: genetrees.zip:压缩包,包含基因树数据
  • 文件名称: Mirarab2014-SOM.pdf:PDF文件,补充材料文档
  • 文件名称: sequencedata.zip:压缩包,包含序列数据
  • 文件名称: biological-mammals.zip:压缩包,包含生物哺乳动物数据

适用场景

  • 系统发育学研究:评估不同物种树估计方法在ILS条件下的准确性
  • 计算生物学分析:探究基因树数量、准确性对物种树构建的影响
  • 进化生物学研究:分析ILS水平与物种树估计方法性能的关联
  • 生物信息学方法开发:为物种树估计算法优化提供数据支持
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数据与资源

附加信息

字段
作者 Maxj
版本 1
数据集大小 633.91 MiB
最后更新 2025年12月9日
创建于 2025年12月9日
声明 当前数据集部分源数据来源于公开互联网,如果有侵权,请24小时联系删除(400-600-6816)。