数据集概述
本数据集为研究论文的补充数据，聚焦俄勒冈州持证肉鸡生产系统中沙门氏菌的多样性，及其与全国流行菌株的关联。包含7个不同格式的文件，覆盖调查文件、基因组数据、SNP分析等内容，为研究提供完整数据支撑。
文件详解
- Supplementary Data 1 - Oregon state-licensed poultry slaughterhouse survey.pdf：PDF格式文件，内容为俄勒冈州持证家禽屠宰场调查文档
- Supplementary Data 2 - Genomes of Salmonella isolated from chicken samples in NCBI Database.xlsx：Excel格式文件，包含NCBI数据库中鸡源沙门氏菌基因组数据
- Supplementary Data 3 - Chicken-associated SNP clusters.xlsx：Excel格式文件，记录鸡相关SNP聚类数据
- Supplementary Data 4 - SNP cluster-HierCC HC20 equivalencies.docx：Word格式文件，说明SNP聚类与HierCC HC20等价关系
- Supplementary Data 5 - Metadata of genomes within HierCC HC20_15 used in SNP project.txt：文本格式文件，包含SNP项目中HierCC HC20_15基因组元数据（字段示例：Uberstrain Name、Data Source、Barcode、Niche等）
- Supplementary Data 6 - Filtered vcf file of SNPs from Enterobase with Salmonella Kentucky JWC-7180 as reference.txt：文本格式文件，以Salmonella Kentucky JWC-7180为参考的Enterobase过滤SNP的VCF文件
- Supplementary Data 7 - Accessory genome loci from SNP analysis of Salmonella Kentucky HC20_15.txt：文本格式文件，Salmonella Kentucky HC20_15 SNP分析的附属基因组位点数据
适用场景
- 兽医微生物学研究：分析肉鸡生产系统中沙门氏菌的遗传多样性及传播模式
- 食品安全风险评估：探究养殖场沙门氏菌与全国流行菌株的关联，评估公共卫生风险
- 基因组学分析：基于SNP数据研究沙门氏菌的进化关系与种群结构
- 农业生产监管：为家禽屠宰场沙门氏菌防控措施制定提供数据支持
