数据集概述
本数据集为角蜥属（Phrynosoma）物种的系统基因组生物多样性评估数据，包含ddRADseq和线粒体DNA等分子数据文件，用于构建参考分类框架，解决大短角蜥物种复合体的物种界定争议，支持物种树构建、分歧时间估算及种群遗传分析，共9个相关文件。
文件详解
- 文件名称：README.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：数据集说明文档，可能包含数据背景、文件用途及使用说明
- 文件名称：bpp.data.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：BPP分析用数据文件，包含基因组位点序列信息，如示例中的PHAS1_0、PHAS1_1等位点的核苷酸序列
- 文件名称：snapp.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：SNAPP分析配置文件，用于角蜥属17个物种及复合体的双等位基因SNP数据分析
- 文件名称：SNAPP_prep_master.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：SNAPP分析预处理配置文件，由snapp-prep-master工具生成，用于SNP数据的分歧时间估算
- 文件名称：ND4.nex
- 文件格式：NEX
- 字段映射介绍：线粒体DNA（ND4基因）序列文件，采用Nexus格式，包含外类群序列
- 文件名称：ddRADseq_full_loci.phy
- 文件格式：PHY
- 字段映射介绍：ddRADseq全位点串联序列文件，包含可变与不变位点的核基因位点数据
- 文件名称：bpp.imap.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：BPP分析用个体-种群映射文件，定义样本所属种群信息
- 文件名称：SNPS.vcf
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：SNP变异数据文件，采用VCF格式，记录单核苷酸多态性位点信息
- 文件名称：bpp.alleles.ctl
- 文件格式：CTL
- 字段映射介绍：BPP分析控制文件，包含所有角蜥属物种的等位基因分析配置
适用场景
- 物种界定研究：对比种群遗传分化与已知物种的分化水平，验证参考分类法在物种界定中的应用
- 系统基因组分析：利用SNP和线粒体数据构建时间校准的物种树，分析角蜥属的系统发育关系
- 种群遗传学研究：通过BPP和SNAPP分析，探究大短角蜥物种复合体内的种群结构与基因流
- 生物多样性评估：量化角蜥属物种间的遗传分化水平，为生物多样性保护提供基因组学依据
- 分子进化研究：结合分歧时间估算与种群动态模型，分析角蜥属物种的演化历史与适应机制
