数据集概述
本数据集包含更新世北美洲NWSL马的线粒体基因组、部分核基因组及形态测量分析数据,支持其单种属分类及新属Haringtonhippus的命名。通过基因组与形态测量结合分析,明确该马类不属于现生马属,为晚更新世灭绝事件研究提供依据,含60个相关分析文件。
文件详解
- 系统发育树文件(.tre格式,38个)
- 示例名称:RAxML_mtDNAdataset3_dogOut_allPartns_inclHippidion.tre、MrBayes_mtDNAdataset1_rhinoOut_allPartns_inclHippidion.con.tre
- 内容说明:基于线粒体DNA数据集的系统发育分析结果,包含不同外类群(狗、犀牛、貘)、数据集版本及是否包含Hippidion的树结构文件
- 序列比对文件(.nex格式,13个)
- 示例名称:mtDNA_alignment_1_allPartns.nex、mtDNA_alignment_6_reducedPartns.nex
- 内容说明:线粒体DNA序列比对数据集,含全分区与简化分区版本
- 贝叶斯分析配置文件(.xml格式,8个)
- 示例名称:BEAST_mtDNAdataset5_equidsOnly_reducedPartns_rootNotConstrained_inclEovodovi.xml
- 内容说明:BEAST软件分析配置文件,含不同约束条件(根约束/非约束)、是否包含Eovodovi的参数设置
- 形态测量分析代码文件(.tex格式,1个)
- 文件名称:Morphometrics_Rscript_code.tex
- 内容说明:形态测量分析所用R脚本代码的LaTeX文档
数据来源
论文“A new genus of horse from Pleistocene North America”
适用场景
- 古生物系统发育研究: 利用线粒体基因组数据重建更新世马类的演化关系,验证新属分类地位
- 晚更新世灭绝事件分析: 通过NWSL马的分类与演化研究,理解更新世末期大型动物灭绝的系统学背景
- 古基因组学方法应用: 参考线粒体与核基因组结合分析的技术流程,优化灭绝动物分类研究方案
- 形态测量与基因组整合分析: 借鉴形态与基因组数据联合分析的思路,提升古生物分类准确性