数据集概述
本数据集包含黑腹果蝇（萨塞克斯LHM种群样本）性别特异性繁殖适合度全基因组关联分析（GWAS）的代码、数据、日志和图表，涵盖雌性与雄性适合度的独立关联测试及基因注释结果。
文件详解
- 分析脚本文件：
- code_drive_basic_gwas.sh：Bash脚本，用于下载数据、驱动Plink进行GWAS分析及基因注释
- code_plot_basic_gwas.R：R脚本，用于生成诊断图表
- GWAS结果文件：
- lhm_hc_2017.Female.assoc.linear：雌性适合度线性关联结果文件（.linear格式）
- lhm_hc_2017.Male.assoc.linear：雄性适合度线性关联结果文件（.linear格式）
- lhm_hc_2017.Female.gwas_res.txt：雌性GWAS结果文本文件，含SNP、基因注释等字段
- lhm_hc_2017.Male.gwas_res.txt：雄性GWAS结果文本文件，含SNP、基因注释等字段
- 辅助数据文件：
- gene_positions_plink.txt.mod：基因位置注释文件（.txt.mod格式）
- lhm_hc_2017.frq.mod：等位基因频率文件（.frq.mod格式）
- 日志文件：
- log_drive_basic_gwas.txt：主脚本运行日志
- log_r_basic_gwas.txt：R脚本运行日志
- log_sh_plot_basic_gwas.txt：绘图脚本日志
- log_md5_checksums_lhm_gwas.txt：MD5校验日志
- 图表文件：
- plot_basic_gwas_lhm.png：GWAS诊断图表（.png格式）
适用场景
- 进化遗传学研究：分析黑腹果蝇繁殖适合度的性别特异性遗传基础
- 基因组学分析：探索繁殖相关性状的候选基因及SNP功能注释
- 生物信息学方法验证：复现GWAS分析流程及结果可视化方法
- 种群遗传学研究：探究萨塞克斯LHM种群的遗传变异与适合度关联模式
