数据集概述
本数据集围绕肉鸡感染海德堡沙门氏菌后，水平基因转移（HGT）作为抗生素耐药性（AR）主要驱动因素的研究展开，包含实验相关的元数据、基因测序变异文件及分析脚本，共75个文件，用于验证无抗生素饲养下AR的转移情况及机制。
文件详解
- 变异数据文件（.vcf格式，73个）
- 文件名称示例：OG10-05B.vcf、SB-PL2-05C.vcf等
- 内容说明：记录沙门氏菌菌株的单核苷酸多态性（SNPs）和插入缺失（InDels）变异信息
- 元数据文件
- 文件名称：SHeidelberg-strains-metadata-AcidImposedSelection.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 内容说明：包含海德堡沙门氏菌菌株的元数据，涉及酸胁迫选择实验相关信息
- 分析脚本文件
- 文件名称：Command-scripts_used_for_SNPs-InDels_identification.docx
- 文件格式：DOCX
- 内容说明：用于识别SNPs和InDels的命令脚本文档
适用场景
- 动物疫病研究：分析肉鸡沙门氏菌AR的水平基因转移机制及驱动因素
- 抗生素耐药性研究：评估无抗生素饲养对AR转移的影响，验证单一减少抗生素使用的局限性
- 微生物遗传学研究：通过基因变异数据探究沙门氏菌的进化及质粒携带AR的适应性
- 农业食品安全研究：为食品动物生产中AR防控策略提供实验数据支持
