数据集概述
本数据集为日本猕猴系统地理学研究数据，包含11个文件，涵盖遗传分析代码、序列数据、种群结构分析结果等。主要用于探究日本猕猴的地理遗传变异模式及进化过程，支持种群结构、基因流、末次盛冰期避难所分布等研究，为理解其系统发育历史提供数据支撑。
文件详解
- 代码文件
- 文件名称：calc_pi.R
- 文件格式：R
- 字段映射介绍：用于计算核苷酸多样性的R语言代码文件
- 文档文件
- 文件名称：README.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含数据作者、来源文献、文件目录等说明信息
- 文件名称：sex_pop_cluster_list.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含样本ID、性别、种群聚类信息（如lib1_1_A female Shimokita East）
- 存档文件
- 文件名称：treemix.zip、paup.zip、fastsimcoal2.zip、vcf.zip、fasta_chr.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：分别包含TreeMix分析、PAUP*分析、FastSimCoal2分析、VCF格式遗传数据、染色体水平共识序列数据
- 其他文件
- 文件名称：populations.haps.radpainter
- 文件格式：radpainter
- 字段映射介绍：用于RADpainter分析的种群单倍型数据
- 文件名称：raxml.phy
- 文件格式：phy
- 字段映射介绍：用于RAxML分析的系统发育数据
- 文件名称：splitstree4.dist
- 文件格式：dist
- 字段映射介绍：用于Splitstree4分析的距离矩阵数据
数据来源
论文“Ito T, Hayakawa T, Suzuki–Hashido N, Hamada Y, Kurihara Y, Hanya G, Kaneko A, Natsume T, Aisu S, Honda T, Yachimori S, Anezaki T, Omi T, Hayama S, Tanaka M, Wakamori H, Imai H, Kawamoto Y. (2021) Phylogeographic history of Japanese macaques. Journal of Biogeography”
适用场景
- 种群遗传结构分析: 利用VCF数据、radpainter文件等探究日本猕猴种群的遗传分化与聚类模式
- 基因流与系统发育研究: 通过TreeMix、PAUP*等数据解析种群间基因交流及系统发育关系
- 末次盛冰期避难所分析: 结合FastSimCoal2数据模拟种群历史动态，推断避难所分布
- 性别与种群关联研究: 利用sex_pop_cluster_list.txt分析性别与种群聚类的相关性
- 核苷酸多样性计算: 通过calc_pi.R及fasta_chr.zip数据计算不同种群的遗传多样性水平
