数据集概述
本数据集包含已灭绝北美平头野猪（Platygonus compressus）的古DNA数据，以及现存野猪科物种的完整线粒体基因组序列。数据用于分子系统发育分析，以明确古生物与现存物种的亲缘关系、分化时间，并初步探究平头野猪的种群遗传多样性。数据集共9个文件，涵盖测序数据、分析脚本及结果文件。
文件详解
- 测序数据文件
- 文件名称：3Files_Pecari_tajacu_SeqData_Filtered_Collapsed.fastq.zip、Catagonus_wagneri_KY987545_SeqData_Filtered_Collapsed.fastq.gz、12Files_Platygonus_compressus_SeqData_Filtered_Collapsed.fastq.zip、Tayassu_pecari_KY987556_SeqData_Filtered_Collapsed.fastq.gz
- 文件格式：FASTQ（压缩格式为ZIP或GZ）
- 字段映射介绍：包含过滤后的测序数据，涉及现存野猪科物种（西貒、草原西貒、白唇西貒）及已灭绝平头野猪的序列信息
- 分析脚本与工具文件
- 文件名称：HTS_pipeline_scripts.zip、BEAST_files.zip、PartitionFinder_files.zip、RAxML_files.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含高通量测序分析流程脚本、系统发育分析工具（BEAST、RAxML）输入输出文件及分区查找工具（PartitionFinder）相关文件
- 共识序列文件
- 文件名称：ACAD2865_ConsensusSequence.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含平头野猪标本ACAD2865的共识序列信息
数据来源
论文“Ancient DNA analysis of the extinct North American flat-headed peccary (Platygonus compressus)”
适用场景
- 古生物系统发育研究: 分析已灭绝平头野猪与现存野猪科物种的亲缘关系及演化地位
- 物种分化时间估算: 基于分子数据推测野猪科物种的分化时间，探究跨美洲扩散事件
- 种群遗传多样性分析: 研究史前平头野猪种群的遗传结构及灭绝前的种群动态
- 古DNA分析方法验证: 测试古DNA提取、测序及生物信息学分析流程的有效性
- 生物地理学研究: 结合分化时间数据，探讨野猪科物种在美洲大陆的迁移路径与地理隔离机制
