数据集概述
本数据集包含咖啡科（茜草科）植物的基因组系统发育分析数据，涵盖58个质体基因组序列及对应类群的核rDNA顺反子数据。数据用于两种质体数据集（仅蛋白编码基因、蛋白编码+非编码区）和核rDNA数据集的系统发育分析，揭示数据中存在的系统发育信号冲突，为解析茜草科系统发育关系提供基础数据。
文件详解
- 系统发育数据文件（.nex格式）：
- S1_File.nex、S2_File.nex、S3_File.nex、S4_File.nex：共4个NEXUS格式文件，分别对应不同的系统发育分析数据集，包含对齐的核苷酸或密码子退化数据序列
- 代码文件（.py格式）：
- translator.py、GetSeqByGeneType.py：共2个Python脚本文件，可能用于基因序列的翻译、筛选或数据处理
- 说明文档（.pdf格式）：
- README.pdf：PDF格式的说明文档，可能包含数据集的背景、使用方法或文件说明
适用场景
- 植物系统发育研究：分析茜草科植物的系统发育关系及基因组信号冲突
- 分子进化分析：探究质体基因组与核基因组在系统发育重建中的信号差异
- 生物信息学方法验证：评估不同系统发育模型对同一数据的拓扑结构影响
- 植物分类学研究：为茜草科植物的分类修订提供分子数据支持
