数据集概述
本数据集为KGE-HGEN基因调控网络数据集，包含9个文件，涵盖基因、转录因子（TF）、微小核糖核酸（miRna）的序列信息及相互作用关系数据，可用于生物信息学领域的基因调控网络分析研究。
文件详解
- 序列信息文件
- 文件名称：target_id_seq.xlsx、mirna_id_seq.xlsx、tf_id_seq.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：分别存储靶基因、miRna、转录因子的ID与对应序列信息
- 相互作用关系文件
- 文件名称：TF-target.csv、miRna-TF.csv、miRna-target.csv、TF-TF.csv、TF-miRna.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：记录不同生物分子间的相互作用关系，包含TF（转录因子）、target（靶基因）、miRna（微小核糖核酸）等分子ID，以及lp_label（标签）、confidence（置信度）、mor（调控关系方向）等属性
- 节点信息文件
- 文件名称：node.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：存储基因调控网络中所有节点（如基因、TF、miRna）的基础信息
适用场景
- 基因调控网络构建: 基于分子间相互作用数据，构建转录因子-靶基因、miRna-转录因子等调控网络
- 生物分子相互作用分析: 研究转录因子、miRna与靶基因之间的调控关系及置信度分布
- 生物信息学算法验证: 为基因调控网络相关的知识图谱嵌入（KGE）算法提供实验数据集
- 多组学数据整合研究: 整合序列信息与相互作用数据，开展跨组学的生物机制研究
