数据集概述
本数据集围绕漫茎矢车菊（Centaurea diffusa）本地与入侵种群的表型差异展开基因组分析，包含该物种的基因组参考序列、表型数据、SNP标记及全基因组关联分析（GWAS）结果，为研究入侵植物适应性进化的遗传机制提供支持。
文件详解
- 基因组与序列文件：
- centaurea_final_assembly.tgz：基因组组装文件（压缩包格式），包含漫茎矢车菊的基因组参考序列
- CdiffSNPs_GWAS_10_filt.recode.vcf.gz：压缩的VCF文件，包含经过过滤的7058个SNP标记数据
- 表型与分析数据文件：
- Cdiff_pheno.txt：文本格式表型数据文件，包含372个个体的来源（本地/入侵）、叶片宽度等表型指标
- GWAS_KO.txt：文本格式文件，可能包含GWAS分析中的亲缘关系矩阵数据
- TableS3_PlastomeComparisons.xlsx：Excel文件，包含质体基因组比较分析结果
- TableS4_candidateGeneWindow.xlsx：Excel文件，包含候选基因窗口的相关信息
- 代码与文档文件：
- GWAS_code.R：R语言脚本文件，用于GWAS分析的代码
- CdiffGBS_SNPcalling_clean.sh：Shell脚本文件，用于SNP calling的代码
- CdiffGBS_GWAS_supmat_final.pdf：PDF文档，包含补充材料与分析结果说明
适用场景
- 入侵植物适应性进化机制研究
- 植物表型与基因型关联分析
- 基因组组装与注释方法应用
- 种群遗传学与进化生物学研究
- 植物功能基因挖掘与验证
