数据集概述
本数据集包含Díaz et al.（2023）手稿中Figure 5涉及的小鼠AMCase（mAMCase）与GlcNAc6复合物在pH 2.0和pH 6.5条件下的10 ns分子动力学模拟分析所需全部文件，支持模拟结果的复现与深入分析。
文件详解
- Figures目录
- 包含Asp138 X1角分布PDF文件、Asp138 X1角时间序列PDF文件，以及pH 2.0活性构象、pH 6.5非活性构象模拟的代表性结构模型PNG文件（含带距离标注与不带标注版本）
- MOE目录
- README.txt：说明Production_phX_Conformation.xlsx中各变量含义
- /MOE/pHX_Conformation子目录：包含各模拟起始结构、10 ns模拟视频、模拟过程测量变量的Excel（.xlsx）与MOE数据库（.mdb）文件
- PyMOL目录
- 包含所有结构模型、2mFo-DFc图、mFo-DFc图、PyMOL脚本及生成Figure 5所用的PyMOL会话文件
- MD.pzfx文件
- 格式：pzfx
- 内容：pH 2.0和pH 6.5条件下Asp138处于活性/非活性起始构象的10 ns模拟原始数据
数据来源
Díaz et al.（2023）手稿
适用场景
- 蛋白质构象分析：研究mAMCase在不同pH条件下与GlcNAc6结合时的构象变化及活性状态差异
- 分子动力学模拟验证：复现并验证pH对mAMCase-GlcNAc6复合物动力学行为的影响
- 结构生物学研究：基于模拟数据解析蛋白质关键残基（如Asp138）的构象分布特征
- 生物物理机制探究：分析pH调控下蛋白质-配体复合物的动态相互作用机制
