MD模拟与AFM图像文件数据集

数据集概述

本数据集包含两类核心内容:一类是通过GROMACS 4.7.0进行的分子动力学(MD)模拟数据,研究不同单价(Na+、K+)和二价(Mg2+、Ca2+、Sr2+)阳离子与Drew-Dickerson B-DNA十二聚体的相互作用;另一类是通过JPK Nanowizard ULTRA Speed获得的原子力显微镜(AFM)图像数据,记录了不同阳离子组合下云母表面DNA折纸三角形的原位成像结果。

文件详解

该数据集包含两个压缩文件,具体说明如下: - AFM.zip: ZIP格式压缩文件,包含在不同单价(Na+、K+,90mM)和二价(Mg2+、Ca2+、Sr2+,10mM)阳离子组合下,云母表面DNA折纸三角形的原位AFM图像数据。成像参数为:使用USC F0.3-k0.3悬臂,以15分钟间隔、30Hz线速率、512×512像素分辨率记录。 - MD.zip: ZIP格式压缩文件,包含通过GROMACS 4.7.0程序包进行的分子动力学模拟数据,内容为不同单价(Na+、K+)和二价(Mg2+、Ca2+、Sr2+)阳离子与Drew-Dickerson B-DNA十二聚体相互作用的模拟结果。

适用场景

  • 生物物理研究:分析阳离子类型对DNA结构稳定性及表面吸附行为的影响
  • 分子动力学模拟验证:对比MD模拟结果与AFM实验观测的一致性
  • 纳米材料表征:研究DNA折纸结构在不同离子环境下的形态变化
  • 生物分子相互作用机制:探究阳离子与DNA分子间的相互作用模式及动力学过程
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数据与资源

附加信息

字段
作者 Maxj
版本 1
数据集大小 406.36 MiB
最后更新 2025年12月9日
创建于 2025年12月9日
声明 当前数据集部分源数据来源于公开互联网,如果有侵权,请24小时联系删除(400-600-6816)。