数据集概述
本数据集包含CL5D加速SIRT6产物解离的分子动力学模拟相关数据，涵盖SIRT6及SIRT6-CL5D系统的初始结构、平衡结构快照、模拟配置文件及图表源数据，支持论文图表生成与模拟过程复现，总计包含14个文件。
文件详解
- 源数据文件
- 文件名称：Source Data.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：用于生成论文正文图表的源数据
- 文件名称：Source Data Description.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：源数据表的简要说明文档
- 初始结构文件
- 文件名称：SIRT6.prmtop、SIRT6.inpcrd
- 文件格式：PRMTOP、INPCRD
- 字段映射介绍：SIRT6系统的初始结构文件
- 文件名称：SIRT6-CL5D.prmtop、SIRT6-CL5D.inpcrd
- 文件格式：PRMTOP、INPCRD
- 字段映射介绍：SIRT6-CL5D系统的初始结构文件
- 平衡结构快照
- 文件名称：SIRT6_equ.pdb、SIRT6-CL5D_equ.pdb
- 文件格式：PDB
- 字段映射介绍：分别为SIRT6系统、SIRT6-CL5D系统的平衡结构快照
- 模拟配置文件
- 文件名称：ramd.conf
- 文件格式：CONF
- 字段映射介绍：RAMD模拟示例配置文件，用于获取SIRT6系统中AR6解离路径，加速度0.0625 kcal/Å/g，截断距离0.005 Å
- 文件名称：win1.conf、win1.in
- 文件格式：CONF、IN
- 字段映射介绍：伞形采样第一窗口的示例配置文件，计算SIRT6系统中AR6解离能垒；win1.in为伞形采样参数文件，弹簧常数2.5 kcal/mol/Ų，窗口中心9 Å
- 辅助文件
- 文件名称：ADPr.lib、ADPr.mol2
- 文件格式：LIB、MOL2
- 字段映射介绍：ADPr相关的分子库及结构文件
- 文件名称：README
- 文件格式：无扩展名
- 字段映射介绍：数据集内容说明文档
适用场景
- 生物分子模拟研究：复现CL5D加速SIRT6产物解离的分子动力学模拟过程
- 蛋白-配体相互作用分析：研究CL5D对SIRT6系统产物解离的影响机制
- 模拟方法验证：验证RAMD模拟及伞形采样在蛋白产物解离研究中的应用
- 论文图表生成：基于源数据文件生成相关研究图表
- 蛋白结构分析：通过初始结构与平衡结构文件分析SIRT6及SIRT6-CL5D系统的结构特征
