数据集概述
本数据集基于北美西部山松大小蠹全分布区的RAD测序数据，分析Y染色体单倍型与常染色体、X连锁位点的系统地理差异，揭示生殖隔离、环境适应对种群分化的作用，以及更新世冰期避难所与冰后期扩张的历史。数据含4个文件，支持种群遗传结构与环境适应性研究。
文件详解
- 集合信息文件
- 文件名称：S2CollectionInformation.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含山松大小蠹样本采集的相关信息，可能涉及样本来源、地理分布、采样时间等基础元数据
- 索引板数据文件
- 文件名称：IndexPlateMPB.zip
- 文件格式：ZIP（压缩包）
- 字段映射介绍：存储山松大小蠹样本的索引板数据，具体内容需解压后查看
- scaffold染色体信息文件
- 文件名称：ScaffoldChromosomeInformation.zip
- 文件格式：ZIP（压缩包）
- 字段映射介绍：包含scaffold与染色体对应的信息，可能涉及基因组结构注释等内容
- 合并的SNP数据文件
- 文件名称：mergedGATKsnpsPineNofilter.vcf.gz
- 文件格式：VCF.GZ（压缩的变异调用格式文件）
- 字段映射介绍：通过GATK流程合并的山松大小蠹SNP数据，未经过滤，包含样本基因型、等位基因频率等变异信息
数据来源
论文“Reproductive isolation and environmental adaptation shape the phylogeography of mountain pine beetle (Dendroctonus ponderosae)”
适用场景
- 种群遗传学研究：分析山松大小蠹Y染色体单倍型与常染色体的遗传分化模式
- 生殖隔离机制研究：探究Y染色体缺失导致的种群间生殖不亲和性机制
- 环境适应性分析：关联遗传变异与环境数据，研究局部气候条件对种群适应的影响
- 冰期避难所与物种演化研究：验证更新世冰期避难所假说及冰后期种群扩张历史
- 基因组学分析：利用SNP数据开展山松大小蠹基因组结构与功能研究
