数据集概述
本数据集围绕雀形目柳莺属8种鸟类的基因组系统发育研究展开，包含基因流对系统发育重建影响的分析数据，涵盖模拟输入、重组率估计、系统发育网络等多类型文件，为探究基因组数据与物种真实进化关系的差异提供支持。
文件详解
- 群体遗传学模拟输入文件：
- fastsimcoal2_input_SFS_and_15_models.rar：RAR格式压缩包，包含fastsimcoal2软件所需的SFS（等位基因频率谱）数据及15种进化模型输入文件
- 重组率估计数据：
- 10_scaffolds_for_recobination_rate_estimation.rar：RAR格式压缩包，含10个用于重组率估计的基因组 scaffold 数据
- 系统发育分析输入文件：
- Phylogenetic_input_of_Figure5_vcfFiles.rar：RAR格式压缩包，对应Figure5的VCF格式系统发育分析输入文件
- Phylonet_input_4K_trees.rar：RAR格式压缩包，含4000棵树的Phylonet系统发育网络分析输入文件
- 种群动态分析输入文件：
- dadi_input_6_species_pairs.rar：RAR格式压缩包，6个物种对的dadi软件种群动态推断输入文件
- 补充材料文件：
- Supplementary_Figure_S1-S3__table_S1-S5.pdf：PDF格式，包含补充图S1-S3及补充表S1-S5
适用场景
- 进化生物学研究：探究基因流对基因组系统发育重建的影响机制
- 群体遗传学分析：验证小基因组数据与全基因组数据在物种树构建中的差异
- 基因组学研究：分析基因流影响区域的重组率、核苷酸多样性等基因组特征
- 系统发育方法学验证：测试不同基因组数据量及分析方法对物种真实进化关系的还原效果
