数据集概述
本数据集为白足鼠（Peromyscus leucopus）的转录组资源，包含通过454和SOLiD 5500XL平台测序组装的参考转录组、注释信息、SNP、SSR标记及基因表达差异分析结果，用于研究城市与农村种群的生态遗传分化及对城市化的进化响应，共9个文件。
文件详解
- 转录组序列文件
- 文件名称：Pleucopus_Transcriptome_Contigs.fasta、Pleucopus_Transcriptome_AlternativeSplice_Contigs.fasta、Pleucopus_Transcriptome_Contigs_Annotated.fasta、Pleucopus_Transcriptome_AlternativeSplice_Events.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含白足鼠转录组的拼接contig序列、可变剪接contig序列、注释后contig序列及可变剪接事件序列
- 遗传标记文件
- 文件名称：Pleucopus_Filered_SNPs.vcf、Table_S1_Peromyscus_SSR.docx
- 文件格式：VCF、DOCX
- 字段映射介绍：VCF文件含过滤后的SNP数据；DOCX文件为SSR标记及侧翼引物信息表
- 注释与分析文件
- 文件名称：Pleucopus_Transcriptome_blast2go.dat、TableS2_Peromyscus_Linkage_Map.xlsx
- 文件格式：DAT、XLSX
- 字段映射介绍：DAT文件为Blast2GO注释结果；XLSX文件为连锁图谱表
- 实验记录文件
- 文件名称：LabNotebook_Scripts.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含实验记录与分析脚本相关内容
数据来源
论文“Transcriptome resources for the white-footed mouse (Peromyscus leucopus): new genomic tools for investigating ecologically divergent urban and rural populations”
适用场景
- 生态遗传学研究：分析白足鼠城市与农村种群的遗传分化及适应性进化机制
- 转录组学分析：利用参考转录组研究基因表达差异、可变剪接及功能注释
- 分子标记开发：基于SNP和SSR标记开展种群遗传结构与基因定位研究
- 城市化响应研究：探究白足鼠对城市化环境的基因表达调控与进化适应策略
- 生态模型构建：为北美白足鼠属物种作为生态遗传模型提供基因组资源支持
