数据集概述
本数据集为Platania, Cardoso et al.关于新喀里多尼亚叶甲生物地理研究的配套数据，包含系统发育树、模型参数文件、序列比对分区信息、多基因序列数据及生物地理分析输入文件压缩包，共5个文件，支撑南太平洋特有叶甲谱系的历史生物地理研究。
文件详解
- 系统发育树文件
- 文件名称：RAxML_bestTree.cox1_cps_pabp1_rrnS_wg_outgroup.tre
- 文件格式：.tre
- 字段映射介绍：包含基于cox1、cps、pabp1、rrnS、wg基因及外类群构建的最优系统发育树
- 模型参数文件
- 文件名称：mgsm_exp_root_crypto_tuned_v2.xml
- 文件格式：.xml
- 字段映射介绍：生物地理分析的模型参数配置文件，含模型设置元数据
- 序列比对分区文件
- 文件名称：RAxML_alignment_partitions.txt
- 文件格式：.txt
- 字段映射介绍：记录多基因序列比对的分区信息，包括cox1、cps、pabp1、rrnS等基因的不同密码子位置分区（如cox12=2-817\3、3-817\3，cox3=1-817\3等）
- 多基因序列数据文件
- 文件名称：RAxML_cox1_cps_pabp1_rrnS_wg_outgroup.phy
- 文件格式：.phy
- 字段映射介绍：包含cox1、cps、pabp1、rrnS、wg基因及外类群的多基因序列比对数据
- 生物地理分析输入文件压缩包
- 文件名称：BioGeoBEARS__input_files_model_selection_posterior_trees_analyses.zip
- 文件格式：.zip
- 字段映射介绍：BioGeoBEARS分析所需的输入文件归档，含模型选择及后验树分析相关文件
数据来源
Platania, Cardoso et al.的研究“New Caledonian rovers and the historical biogeography of a hyper-diverse endemic lineage of South Pacific leaf beetles”
适用场景
- 生物地理分析：支持新喀里多尼亚叶甲谱系的历史生物地理过程研究
- 系统发育树构建验证：用于验证基于多基因序列构建的叶甲系统发育关系
- 分子进化模型参数优化：通过XML文件调整生物地理分析模型参数
- 基因序列分区分析：基于TXT文件的分区信息开展多基因序列的分区进化分析
- 生物信息学方法应用：作为BioGeoBEARS等生物地理分析工具的输入数据支撑方法验证
