数据集概述
本数据集为Indo-Pacific海域Pocillopora珊瑚的物种界定研究数据，基于基因组学、形态学、生物地理学及共生生态学多标准展开。包含356个珊瑚群体的全基因组SNP数据、微形态测量数据、共生藻关联数据等，用于解析该属珊瑚系统发育、提出物种假说并验证多证据一致性，支持珊瑚分类修订与保护。
文件详解
- 基因组与遗传数据
- 文件名称：
Pocillopora_361ADN_1559SNP.vcf、Pocillopora_361ADN_17465SNP.vcf
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：包含全基因组单核苷酸多态性（SNP）数据，用于系统发育推断、聚类分析及物种界定。
- 文件名称：
DB_Pocillopora_genomic_364ind.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：记录Pocillopora珊瑚群体的采样信息、形态型、ORF与PocHistone单倍型、微卫星基因型等遗传相关数据。
- 形态学数据
- 文件名称：
Micromorphometry_Pocillopora_170ind.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含样本名称（Sample_Name）、GSH标识、珊瑚杯最大直径（v1、v2）、珊瑚体中心与相邻珊瑚体中心距离（v3）等微形态测量指标。
- 共生生态学数据
- 文件名称：
Symbiodiniaceae_Pocillopora_259ind.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：记录样本名称、NCBI生物样本编号、测序重复信息、地理区域（Province）、 locality、共生藻关联标识等数据。
- 文件名称：
Symbiodiniaceae_552ASVx259samples_with_taxonomy.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：基于biom文件构建，包含552个扩增子序列变体（ASV）与259个样本的共生藻分类学关联数据。
- 分析文档
- 文件名称：
Command_line_examples_for_phylogenomic_analyses.docx、Command_line_examples_for_phylogenomic_analyses.txt
- 文件格式：DOCX、TXT
- 字段映射介绍：提供系统发育分析所用的命令行示例，两种格式以兼容不同使用需求。
- 参考序列
- 文件名称：
Pocillopora_UCEs_exons_2068_ref_sequences.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含2068个高度保守元件（UCEs）外显子参考序列，用于基因组分析。
- 说明文件
- 文件名称：
0_README.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：数据集内容详情说明文件。
数据来源
论文“Oury N, Noël C, Mona S, Aurelle D, Magalon H (2023) From genomics to integrative species delimitation? The case study of the Indo-Pacific Pocillopora corals. Mol Phylogenet Evol 107803. doi:10.1016/j.ympev.2023.107803”
适用场景
- 珊瑚物种界定研究: 利用基因组SNP数据、形态测量数据及共生关联数据，开展多标准整合的Pocillopora珊瑚物种界定。
- 海洋珊瑚系统发育分析: 基于全基因组SNP与UCEs参考序列，解析Indo-Pacific海域Pocillopora珊瑚的系统发育关系。
- 珊瑚形态-遗传关联研究: 对比微形态测量指标与基因组数据，探究形态特征与遗传物种界定的一致性。
- 珊瑚共生生态学研究: 分析Pocillopora珊瑚与共生藻的关联模式及其生物地理学分布特征。
- 珊瑚分类学修订支撑: 为Pocillopora属珊瑚的分类学修订提供基因组学、形态学等多维度证据。
- 珊瑚保护策略制定: 基于准确的物种界定结果，为Indo-Pacific海域Pocillopora珊瑚的保护优先级评估提供科学依据。
