数据集概述
本数据集为美国俄勒冈州东南部及内华达州北部Alvord Basin区域的Alvord丘头鱼与Borax Lake丘头鱼遗传结构研究数据，通过RAD测序技术获取遗传变异信息，分析种群遗传结构、物种间亲缘关系及演化历史，包含8个相关文件。
文件详解
- 数据文件
- 文件名称：
Data1_batch_1.catalog.tags.tsv
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：由cstacks工具生成的目录标签文件，包含RAD测序位点的共识序列等基础遗传信息
- 文件名称：
Data2_batch_1.vcf
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：遗传变异数据文件，记录样本的基因型变异信息
- 脚本文件
- 文件名称：
SF1_CompositeScript.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：处理原始测序数据、识别位点及基因型 calling 的Bash脚本
- 样本与分析文件
- 文件名称：
SF2_SamplesExamined.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：研究中检测的样本信息表
- 文件名称：
SF3_OutlierLoci.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：异常位点分析结果表
- 文件名称：
SF4_RADgenepop.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：RAD测序数据转换的Genepop格式文件
- 文件名称：
SF5_RADgenepop-sel.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：筛选后的RAD测序Genepop格式文件
- 文件名称：
SF6_MicrosatGenepop.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：微卫星数据转换的Genepop格式文件
数据来源
论文“Genetic structure and the history of chub in the Alvord Basin”
适用场景
- 鱼类种群遗传结构研究：分析Alvord丘头鱼种群的遗传多样性分布特征
- 物种亲缘关系分析：探究Alvord丘头鱼与Borax Lake丘头鱼的演化关系及分化模式
- 生物地理学研究：结合地质历史事件（如冰川作用、火山活动）分析鱼类种群分化的驱动因素
- 濒危鱼类保护策略制定：为Alvord丘头鱼等濒危鱼类的遗传资源保护提供数据支持
- 演化生物学研究：验证物种同域分化假说及长期地理隔离对物种演化的影响
