数据集概述
本数据集为南极企鹅种群基因组比较研究数据，基于RAD-seq技术获取5种企鹅（帝企鹅、王企鹅、阿德利企鹅、帽带企鹅、巴布亚企鹅）的全基因组数据，用于分析繁殖群体间的连通性模式，探究影响物种扩散的内在与外在屏障，揭示海洋生态位及海洋学因素对基因流的作用。
文件详解
- 基因组变异数据文件（.vcf格式）
- 文件名称：Gentoos_all-SNPs.vcf、Chinstrap.vcf、Gentoos_neutral-SNPs.vcf、Adelie.vcf
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：包含企鹅种群的单核苷酸多态性（SNPs）数据，记录基因组位点的变异信息，用于种群遗传结构分析
- 系统发育分析输入文件（.phy格式）
- 文件名称：Gentoos_input_for_RAxML.phy
- 文件格式：PHY
- 字段映射介绍：用于RAxML软件的系统发育树构建输入文件，包含基因组序列数据
- 种群分化分析输入文件（.nex格式）
- 文件名称：Gentoos_input_for_BFD.nex
- 文件格式：NEX
- 字段映射介绍：用于BFD分析的输入文件，支持种群分化程度评估
- 物种树构建输入文件（.xml格式）
- 文件名称：Gentoos_input_for_SNAPP_set1.xml、Gentoos_input_for_SNAPP_set2.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：用于SNAPP软件的物种树构建输入文件，包含种群遗传数据及分析参数配置
数据来源
论文“Comparative population genomics reveals key barriers to dispersal in Southern Ocean penguins”
适用场景
- 南极企鹅种群遗传结构分析: 利用VCF文件中的SNPs数据，研究不同企鹅种群的基因流与遗传分化模式
- 物种扩散机制研究: 通过比较5种企鹅的连通性模式，分析海洋生态位（远洋/近岸）对扩散能力的影响
- 海洋学屏障作用评估: 探究海洋锋面对企鹅种群基因交流的阻碍效应
- 生物多样性保护策略制定: 基于扩散模式与海洋学特征，为企鹅物种灭绝风险预测及管理单元划分提供数据支持
- 系统发育与进化分析: 利用PHY、XML等文件开展企鹅种群的系统发育树构建与物种分化时间估算
