数据集概述
本数据集为论文“Resurrecting Ancient Antibiotics: Unveiling the Origins of Modern Lipid II Targeting Glycopeptides”的支持数据，包含49个文件，涉及系统发育树、序列比对、进化重建概率等内容，用于揭示现代脂肽类抗生素的进化起源与机制。
文件详解
- 系统发育树文件（.newick格式，21个）
- 示例文件：NRPS_tree_outgroup_bootstraps.newick、Bhp_Bht_cassette.newick等
- 内容：存储不同基因或蛋白家族的系统发育树结构，包含分支关系与 bootstrap 支持值
- 序列文件（.fasta/.fas格式，12个）
- 示例文件：N16.fasta、sequences_of_the_marginal_reconstruction_without_reconstruction_of_indels.fas等
- 内容：基因或蛋白序列数据，包括比对后序列、进化重建序列等
- 进化概率文件（.xlsx格式，5个）
- 示例文件：probabilities_Mod_1-2.xlsx、probabilities_Mod_7.xlsx等
- 内容：存储祖先序列重建（ASR）的概率数据，按不同模型分组
- 文本文件（.txt格式，6个）
- 示例文件：Tree_in_Ancestor_format.txt、ASRguideTree.txt等
- 内容：系统发育树的辅助说明、祖先格式树结构、引导树信息等
- 其他文件
- 图像文件：Tanglegram_with_names.bmp（系统发育树缠结图）
- 脚本文件：pal2nal.pl（序列比对转换脚本）
- 树文件：autoMLST_tree_GPA_producers.tree（MLST系统发育树）
数据来源
论文“Resurrecting Ancient Antibiotics: Unveiling the Origins of Modern Lipid II Targeting Glycopeptides”
适用场景
- 抗生素进化研究：分析脂肽类抗生素的起源与进化路径
- 系统发育分析：利用.newick树文件研究相关基因/蛋白家族的亲缘关系
- 祖先序列重建：基于概率数据与序列文件开展抗生素合成相关基因的祖先状态推断
- 生物信息学方法验证：评估不同模型在抗生素进化分析中的应用效果
- 药物研发支撑：为新型脂肽类抗生素的设计提供进化机制参考
