数据集概述
本数据集为龟类进化多样化的基因组研究数据，包含19个代表性龟类基因组的单拷贝直系同源基因、26个龟类物种的二代测序标记，以及系统发育分析结果。数据用于探究龟类进化中的系统发育异质性、基因树-物种树冲突等问题，共17个文件，涵盖对齐序列、基因树、物种树、日志及补充表格等内容。
文件详解
- 压缩包文件（.zip/.tar.gz）
- 文件名称：Alignments-20211018T213129Z-001.zip、SISRS_taxa_AMAS_Calibr_supplement.xlsx.zip、aa.zip、Untrimmed_BUSCO_alignments.tar.gz、Trimmed_BUSCO_alignments.tar.gz、BUSCO_gene_trees.tar.gz
- 文件格式：ZIP、TAR.GZ
- 字段映射介绍：包含SISRS映射的简约信息双等位基因位点（m0无缺失数据、m2允许每列最多2个缺失位点）、MAFFT对齐的未修剪/修剪BUSCO直系同源基因、BUSCO对齐序列的最大似然基因树、补充Excel表格等内容
- 系统发育树文件（.nwk）
- 文件名称：astralTree_branchlengths.nwk、concord.cf.tree_concat.nwk
- 文件格式：NWK
- 字段映射介绍：多基因座联合法得到的龟类物种树（带分支长度）、串联分析的一致性因子树
- 日志文件（.log）
- 文件名称：beast_ALL_root_set3.log、beast_ALL_root_set2.log、beast_10RandomPartitions.log
- 文件格式：LOG
- 字段映射介绍：BEAST分析（全数据集不同根设置、10个随机分区）的运行日志，记录模型参数和似然值等
- XML文件（.xml）
- 文件名称：beast_10RandomPartitions.xml、beast_ALL_root_set2.xml、beast_ALL_root_set3.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：BEAST分析的输入元数据文件，定义分析参数和数据配置
- 说明文件
- 文件名称：README
- 文件格式：无扩展名
- 字段映射介绍：数据集内容说明文档
数据来源
论文“A genomic perspective on the evolutionary diversification of turtles”
适用场景
- 龟类系统发育研究：利用物种树和基因树数据，分析龟类的进化关系与分化节点
- 基因组异质性分析：探究基因树-物种树冲突、基因和位点异质性对系统发育推断的影响
- 进化过程机制研究：验证不完全谱系分选等种群水平过程对基因组进化的驱动作用
- 分子进化特征分析：研究密码子使用偏好、组成异质性与DNA替代率的系统发育模式
- 保护生物学应用：基于准确的系统发育关系，为龟类保护优先级评估提供基因组学依据
