ykkC_I核糖开关适配体结构域金属离子与阳离子配体相互作用分子动力学模拟数据集

数据集概述

本数据集为关于ykkC-I核糖开关适配体结构域的分子动力学模拟研究数据，围绕金属离子与阳离子配体相互作用展开，包含模拟参数、初始结构、主成分分析相关文件及自由能景观生成脚本等内容。

文件详解

• FEL-scripts.zip：ZIP格式压缩文件，可能包含用于生成自由能景观（Free Energy Landscape）的脚本文件
• initial-model-set-up.zip：ZIP格式压缩文件，可能包含GRA系统的初始结构设置相关文件
• paramters.zip：ZIP格式压缩文件，可能包含AMBER分子动力学模拟中使用的配体和Mg²+离子参数文件
• SI-MOVIES.zip：ZIP格式压缩文件，可能包含主成分（PC）分析相关的电影文件
• DCCM.zip：ZIP格式压缩文件，可能包含用于生成PC散点图的脚本或相关分析文件

适用场景

• 分子生物学研究：分析ykkC-I核糖开关适配体结构域的金属离子诱导变构机制
• 计算生物学模拟：研究金属离子与阳离子配体相互作用对核糖开关功能的影响
• 生物物理分析：探索分子动力学模拟中自由能景观与主成分分析的应用