数据集概述
本数据集是学术论文的配套数据，包含振动激子模型与量子化学局域模计算的基准测试数据，涉及六个多肽测试案例在真空或水环境下的频率计算结果，覆盖不同计算方法和参数设置，为相关计算复现与分析提供支持。
文件详解
该数据集包含多个目录和文件，具体说明如下：
- 目录 '01_AIM'：
- 包含六个多肽测试案例（1gpB_310、ala_310、ala_hairpin、ala_helix、ala_strand、trpzip）的频率计算输入与结果文件
- 输入文件格式：PDB（structure.pdb）、TOP（topol.top）、TXT（_input.txt）
- 结果文件格式：TXT（.log、Hamiltonian/AtomPos/Dipole/Parameters.txt）
- 覆盖条件：真空或水环境、三种不同映射（Jansen、Skinner、Tokmakoff）、11个分子动力学快照
- 目录 '02_SNF'：
- 包含六个多肽测试案例的频率计算结果文件
- 结果文件格式：DAT（.dat）、OUT（.out）、coord、control
- 计算工具：Turbomole、SNF、LocVib
- 覆盖条件：真空或水环境、分子动力学快照
- 目录 '03_NMA'：
- 包含NMA分子的坐标与计算结果，以及AIM程序的输入与结果文件
- 输入文件格式：TXT（_input.txt）
- 结果文件格式：TXT（.log、Hamiltonian/AtomPos/Dipole/Parameters.txt）
- 覆盖条件：水环境、11个分子动力学快照
- 目录 '04_Handling_Data'：
- 包含数据处理与分析的Jupyter Notebook文件（*.ipynb）
- 核心文件：RMSD_Error_vacuo/water.ipynb（误差计算）、Frequencies.ipynb/Couplings.ipynb（绘图）、Dictionary_setup_for_data_for_paper.ipynb（数据字典构建）
数据来源
TU Braunschweig（德国不伦瑞克工业大学）
适用场景
- 计算化学研究：复现振动激子模型与量子化学局域模计算的基准测试
- 多肽结构分析：研究不同环境（真空/水）对多肽振动频率的影响
- 计算方法验证：对比不同映射方法（Jansen、Skinner、Tokmakoff）的计算结果差异
- 分子动力学辅助：分析分子动力学快照对计算结果的影响
- 学术论文复现：支持配套论文的实验结果验证与扩展分析
