数据集概述
本数据集整合了寄生在新大陆地鸠身上的体虱全基因组序列的系统发育和种群遗传数据，用于分析寄生虫多样性的形成过程（如协同物种形成、宿主转换）。通过比较虱子与地鸠的系统发育关系，揭示了长期进化尺度下的系统发育一致性及宿主特异性，同时发现部分广食性虱子类群在种群水平上的生物地理结构。
文件详解
- 系统发育树文件（.tre、.tree、.trees）
- 文件名称：physconelloides_astrid.tre、ground_doves.tre、physconelloides_astral.tre、physconelloides_gene_trees.trees、physconelloides_jane_input.tree、physconelloides_mt_beast.tre、physconelloides_concatenated_raxml.tre、physconelloides_semistrict_consensus.tre
- 文件格式：.tre、.tree、.trees
- 字段映射介绍：包含虱子和地鸠的物种水平系统发育关系树、基因树、半严格一致树等，用于展示进化关系
- 基因组比对文件（.phy）
- 文件名称：physconelloides_concatenated_alignment.phy、physconelloides_mt_concatenated_alignment.phy
- 文件格式：.phy
- 字段映射介绍：包含虱子的串联比对序列数据，用于系统发育分析
- 压缩文件（.zip）
- 文件名称：physconelloides_voucher_photographs.zip、physconelloides_gene_alignments.zip
- 文件格式：.zip
- 字段映射介绍：包含虱子 voucher 照片和基因比对文件的压缩包
- 文本文件（.txt）
- 文件名称：physconelloides_concatenated_partitions.txt、Physcon_cophy_matrix.txt
- 文件格式：.txt
- 字段映射介绍：包含串联比对的分区设置（如模型选择、搜索方法）和协同进化矩阵数据
- XML文件（.xml）
- 文件名称：physconelloides_mt_beast.xml
- 文件格式：.xml
- 字段映射介绍：包含BEAST分析的元数据设置
数据来源
论文“Integrating phylogenomic and population genomic patterns in avian lice provides a more complete picture of parasite evolution”
适用场景
- 寄生虫进化研究：分析寄生虫多样性的形成过程，如协同物种形成、宿主转换等
- 系统发育与种群遗传整合分析：结合深层（系统发育）和浅层（种群）视角，揭示不同进化尺度下的多样性模式
- 宿主-寄生虫协同进化研究：比较虱子与地鸠的系统发育关系，探究宿主特异性与生物地理结构
- 基因组数据分析方法应用：验证整合系统基因组与种群基因组数据的工作流程在其他寄生虫研究中的适用性
