-
植物U_box蛋白进化与功能研究补充数据集2022
数据集概述 本数据集是Trenner等2022年关于植物U-box蛋白（PUBs）进化与功能研究的补充资料，包含支持主研究的方法、参考文献、系统发育树图表、序列比对文件及序列信息表，为植物U-box蛋白的进化分析提供完整数据支撑。 文件详解...
-
澳大利亚米拉克亚科寄生蜂COI基因最大似然分析补充材料
数据集概述 本数据集为澳大利亚米拉克亚科寄生蜂相关研究的补充材料，包含基于COI基因序列的两种不同最大似然分析结果，使用IQ-TREE v2.3.5工具生成，用于支持新物种分类的分子系统学证据。 文件详解 文件名称：oo_1232304.pdf 文件格式：PDF...
-
马达加斯加西北部侏儒壁虎分子系统学与新物种描述数据集
数据集概述 本数据集为论文《马达加斯加西北部神秘侏儒壁虎Lygodactylus ornatus的分子系统学及L. verticillatus群新物种描述》的配套数据，包含原始DNA比对及系统发育树文件，支持对该区域侏儒壁虎物种分类与进化关系的研究。 文件详解...
-
哺乳动物系统发育树根位置置信度评估与非可逆模型实证研究
数据集概述 本数据集围绕哺乳动物系统发育分析展开，聚焦非可逆模型在树根位置推断中的应用，提出“rootstrap”新 Bootstrap 度量方法，旨在解决传统可逆模型无法统计支持根位置的问题，为系统发育树的根位置评估提供新工具。 文件详解 文件名称: Supplementary_material.pdf 文件格式: PDF (.pdf) 文件内容:...
-
IQ2MC系统发育时间树推断框架原始数据集
数据集概述 本数据集为论文“IQ2MC: A New Framework to Infer Phylogenetic Time Trees Using IQ-TREE 3 and MCMCTree with Mixture Models”的原始数据，包含实证数据、分析脚本及模拟数据，用于支持基于混合模型的系统发育时间树推断研究。 文件详解...
-
尾噬菌体分类学重组研究数据集_芽孢杆菌噬菌体SPO1相关病毒分析
数据集概述 本数据集为尾噬菌体分类学重组研究的支撑数据，聚焦芽孢杆菌噬菌体SPO1相关病毒（原Spounavirinae亚科）的分类地位分析。通过比较基因组学、核心基因组分析、标记基因系统发育等方法，证实该类群应从肌病毒科（Myoviridae）独立为新科Herelleviridae，为尾噬菌体目（Caudovirales）分类体系重构提供依据。...
-
花象鼻虫系统基因组学与繁殖地传粉共生起源数据集
数据集概述 该数据集基于系统基因组学研究，分析花象鼻虫（Curculioninae亚科）的系统发育关系，揭示了真象鼻虫中繁殖地传粉共生关系的十次独立起源，为理解象鼻虫与植物的协同进化提供核心数据支持。 文件详解 核心图表文件（PDF格式）： Figure 1 - Part...
-
海岸雾沙漠地衣真菌近缘谱系物种边界与微特有性假设检验数据集
数据集概述 本数据集围绕海岸雾沙漠地衣真菌近缘谱系的物种边界问题展开，通过基因组数据检验微特有性假设，探讨传统表型方法与高通量测序技术在物种界定中的应用差异，以及分子界定模型面临的进化因素与计算局限。 文件详解 分析结果文件（PDF格式）： supplementary_S5_topologies_IQtree_svdquartets.pdf：IQ-...
-
果蝇螺旋体共生体快速分子进化研究数据集
数据集概述 本数据集包含支持“果蝇螺旋体共生体快速分子进化”研究的相关数据文件，包括序列、比对结果、分析方案及实验协议等，可用于复现论文中的研究发现。 文件详解 OTU_sequences.fasta：FASTA格式文件，包含所有经PfamScan预测含OTU结构域的螺旋体序列...
-
生物医学科学结构系统发育导论数据集
数据集概述 该数据集是《生物医学科学结构系统发育导论》配套的结构系统发育分析流程资源包，包含基于3Di字母表的结构系统发育分析所需的数据集和脚本，覆盖同源搜索、结构处理、比对、树构建等完整流程。 文件详解 数据集包含一个压缩文件，内部按分析流程划分为多个目录，具体如下： - 文件名称: structuralphylogenetics.zip -...
-
澳大利亚miracine寄生蜂COI基因最大似然树补充材料4
数据集概述 本数据集是澳大利亚miracine寄生蜂研究的补充材料，包含基于COI基因序列构建的最大似然树，由IQ-TREE v2.3.5软件生成，用于支持新物种分类的分子系统发育分析。 文件详解 文件名称: oo_1232303.pdf 文件格式: PDF (.pdf) 内容说明: 该文档呈现了使用IQ-TREE...
-
木槿族_锦葵科_系统发育关系研究比对与树文件数据集
数据集概述 本数据集包含木槿族（锦葵科）系统发育关系研究的基因比对文件与系统发育树文件，基于迄今最全面的分类群采样构建，涉及传统定义的木槿属和孔雀葵属的多系性分析，以及新属的分类修订，为该族植物分类提供关键数据支持。 文件详解 数据集包含5个文件，具体说明如下： - 文件名称：README.md - 文件格式：Markdown（.md） -...
-
TABLE_2_Siderus属系统发育分析结果数据集
数据集概述 本数据集为TABLE 2的内容，呈现了对Siderus属（鳞翅目：灰蝶科）开展IQ-TREE最大似然法系统发育分析的结果，包含不同分析模型的选择依据（基于BIC得分）及相关参数，为研究该属物种的系统发育关系提供数据支持。 文件详解 文件名称: table.html 文件格式: HTML (.html) 文件内容: 该文件记录了IQ-...
-
Ardissoneaceae修订研究补充材料6
数据集概述 本数据集为关于Ardissoneaceae科（硅藻门，中型藻纲）修订研究的补充材料6，包含基于3基因数据集的IQTREE最大似然分析分子系统发育树图，支持Micronesian种群研究及新属新种描述。 文件详解 文件名称: oo_746755.pdf 文件格式: PDF (.pdf) 文件内容:...
-
鞘毛藻转录组中苯丙烷生物合成关键酶同源蛋白编码转录本系统发育数据集
数据集概述 本数据集包含鞘毛藻转录组中苯丙烷生物合成关键酶同源蛋白编码转录本的系统发育分析结果。数据基于de Vries等（2021）的比对文件扩展，经MAFFT重新比对后，用IQ-TREE和ModelFinder构建系统发育树，涵盖CAD、CSE、CCR等多类酶的分析文件。 文件详解...
-
系统发育组学超级矩阵推断的系统发育平台感知数据结构附录
数据集概述 本数据集是关于系统发育组学研究的附录文件，内容围绕“系统发育平台感知（PTA）数据结构”展开，该结构用于在分区模型下高效分析超级矩阵，可利用数据缺失情况下的（部分）平台和诱导分区树节省计算时间，提升系统发育推断效率。 文件详解 文件名称: Online-Appendix-Chernomor_et_al.pdf 文件格式: PDF...
-
蚁栖性棒角隐翅虫亚科甲虫多样化及新喀里多尼亚辐射数据集
数据集概述 本数据集为相关研究论文的完整补充文件集合，包含所有分析用数据集及结果。涵盖棒角隐翅虫亚科甲虫的分类、DNA序列、形态学数据、系统发育分析结果等多类文件，支撑其多样化及新喀里多尼亚辐射的研究。 文件详解 分类与基础信息文件： S1_Classification.XLS：分类信息表格，格式XLS S2_GenBank...
-
GPCR功能特化进化引导残基分析数据集
数据集概述 本数据集包含用于研究GPCR功能特化的自动化直系同源识别流程生成的原始及中间文件，覆盖837个人类GPCR及3个额外受体，含BLAST+输出、多序列比对、系统发育树等关键分析文件。 文件详解 文件名称: GPCR_Ortholog_Identification_Files.zip 文件格式: ZIP压缩包 包含内容：...
-
补充材料6_Epipedobates_currulao_sp_nov_命名相关的最优似然树
数据集概述 本数据集为论文《Honoring the Afro-Colombian musical culture with the naming of Epipedobates currulao sp. nov.》的补充材料6，包含通过IQ-TREE获得的最优似然树，附带自举值和标本信息，支持新种蛙类的分类学研究。 文件详解 文件名称:...
-
欧洲Plebejus属基因组分类研究数据集
数据集概述 该数据集包含复现Toro-Delgado等人关于欧洲Plebejus属（灰蝶科：眼灰蝶亚科）基因组分类研究结果所需的数据、元数据及部分结果文件，通过11个文件支持研究复现，核心围绕该属的分类学澄清展开。 文件详解 该数据集包含11个文件，具体说明如下： - 文档文件: - README.md:...
