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HIV_1_Vpr_Based_蛋白构象动力学与脂质双层离子通道模拟数据
2026年1月22日 30 131 114
数据集概述 本数据集为HIV-1 Vpr蛋白在脂质双层中构象动力学研究的分子动力学模拟文件，包含模拟所需的输入、参数及运行文件，支持离子通道建模相关分析，共包含2个文件。 文件详解 文件名称：README.txt 文件格式：TXT...
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MD_SARS_CoV_2_Spike_Protein电场效应分子动力学模拟数据
2026年1月15日 30 111 110
数据集概述 本数据集包含SARS-CoV-2刺突蛋白片段及计算机模拟突变体在中等外电场下的全原子分子动力学模拟轨迹，部分模拟最终结构通过PyDOCK与ACE2受体进行计算机对接，以评估构象变化的影响。数据集共4个压缩文件，涵盖不同蛋白结构、突变体及对接结果。 文件详解 文件名称：trajectories_6vsb_dt1ns.zip 文件格式：ZIP...
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GROMACS_CHARMM36m_Aβ肽与Cu_II_复合物水_二氯乙烷界面分子动力学模拟数据
2026年1月9日 30 55 28
数据集概述 本数据集包含三种系统的分子动力学模拟输入、参数及轨迹文件：Aβ₁₋₁₆在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）、Aβ₄₋₁₆在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）、Aβ₄₋₁₆–Cu(II)复合物在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）。模拟基于GROMACS 2020.6与CHARMM36m力场，含TB⁻、BA+等有机离子参数，pH...
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甲烷球菌属苹果酸脱氢酶热适应与潜在变构关联数据集
2025年12月23日 30 129 126
数据集概述 本数据集为研究论文《Unraveling the link between thermal adaptation and latent allostery in malate dehydrogenase from...
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抑制空化_不溶性表面活性剂在疏水缺陷涂层中的作用_模拟输入数据
2025年12月22日 30 133 91
数据集概述 本数据集为压力斜坡分子动力学模拟的输入文件集合，围绕脂质双层、脂质涂层表面及含坑状缺陷的脂质涂层表面展开，用于研究不溶性表面活性剂抑制空化的作用机制，支持相关模拟实验的复现与扩展。 文件详解 文件名称: gromacs_input_files.zip 文件格式: ZIP压缩包 内容说明:...
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基于LiFSI电解液的不锈钢溶解缓解与锂离子电池循环寿命提升数据集
2025年12月22日 30 12 11
数据集概述 本数据集为相关研究论文的源数据，包含论文正文图表的源数据及DFT计算复现所需文件，涉及不锈钢溶解机制分析与锂离子电池循环寿命提升的实验及模拟数据。 文件详解 图表源数据文件（.xlsx格式）：共6个，对应论文不同图表数据，包括Source Data Figure 1.xlsx、Source Data Figure 2.xlsx、Source...
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溶菌酶配体_蛋白质相互作用双分辨率模型研究支持数据集
2025年12月21日 30 16 13
数据集概述 本数据集为《溶菌酶配体-蛋白质相互作用双分辨率模型研究》的支持数据，包含结合自由能计算结果（湮灭法、解耦法）、模拟轨迹及参数调优数据，覆盖全原子与双分辨率模拟，支持不同计算工具结果对比。 文件详解 该数据集包含压缩目录、图表及说明文档，具体如下： - 核心目录（压缩文件）： -...
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嵌段比例优化阳离子聚丙烯酰胺电场下硝酸盐截留增强分子动力学模拟数据集
2025年12月21日 30 183 166
数据集概述 本数据集包含用于研究嵌段比例优化阳离子聚丙烯酰胺在电场下增强硝酸盐截留性能的分子动力学模拟数据及输入文件，涵盖平衡分子动力学（EMD）和非平衡分子动力学（NEMD）模拟的配置、力场和参数文件，支持复现相关研究结果。 文件详解 该数据集为压缩包格式，内部包含两个核心目录： - EMD/ 目录（平衡MD模拟，GROMACS软件）： -...
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亚平宁棕熊ND5亚基G527E突变线粒体复合物I分子动力学模拟数据集
2025年12月19日 30 51 31
数据集概述 本数据集包含亚平宁棕熊线粒体复合物I ND5亚基G527E突变的分子动力学模拟后处理数据，对比野生型、对照型及突变型三个系统的结构与功能特征，支持相关生物能量学研究的验证与可重复性。 文件详解 该数据集为压缩包文件，内部包含按分析主题分类的目录，具体如下： - 文件名称: Apennine_Brown_Bear.zip - 文件格式:...
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鱼藤酮与呼吸复合体I结合机制分子动力学模拟数据集
2025年12月19日 30 44 20
数据集概述 本数据集包含鱼藤酮与呼吸复合体I结合机制研究的分子动力学模拟快照及力场拓扑文件。核心内容为模拟得到的三种结合模式（ROT1、pre-redox、ROT2）的蛋白质-配体结构，以及GROMACS格式的鱼藤酮及其衍生物的力场参数文件，为相关分子机制研究提供数据支持。 文件详解 分子模拟快照文件（位于configurations/目录下）:...
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SND3膜插入酶分子动力学模拟数据集
2025年12月19日 30 107 103
数据集概述 本数据集包含研究论文“SND3 is the membrane insertase within a distinct SEC61 translocon complex”相关的分子动力学模拟文件，涵盖原子级和粗粒化模拟的参数、配置及分析代码，支持复现研究中的计算与可视化结果。 文件详解 文件名称:...
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SARS_CoV_2变体RBD与不同抗体类别结合能力探索的分子动力学输入数据集
2025年12月18日 30 171 87
数据集概述 本数据集为分子动力学（MD）模拟输入数据，用于支持探索SARS-CoV-2变体受体结合域（RBD）与不同抗体类别结合能力的计算研究，通过GROMACS软件开展模拟分析。 文件详解 文件名称：MD_input_data.zip 文件格式：ZIP压缩包 内容说明：包含分子动力学模拟所需的输入数据，具体文件结构需解压后查看 适用场景...
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人参皂苷F1生产相关多功能糖苷酶分子模拟数据集
2025年12月16日 30 148 14
数据集概述 该数据集包含人参皂苷F1生产相关的分子对接及动力学模拟数据，针对野生型β-葡萄糖苷酶BgDU及其DUase突变体与底物NG-R1、G-Rg1的结合动态及构象变化，开展了四组独立模拟研究，为糖苷酶结构工程改造提供数据支持。 文件详解 数据集包含四个核心文件夹，具体说明如下： - Docking Structure文件夹： -...
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轴突膜粗粒化模型数据集
2025年12月15日 30 179 102
数据集概述 本数据集提供了轴突膜的粗粒化（CG）模型相关文件，支持分子动力学模拟研究。模型基于MARTINI 2.2力场构建，包含平衡态轴突膜结构、拓扑文件、参数示例及说明文档，为轴突膜力学特性与破裂机制分析提供数据基础。 文件详解 文件名称及格式： axolemma.gro：GROMACS坐标格式文件，存储平衡态轴突膜的结构数据...
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DPPC双层膜全水合分子动力学模拟轨迹及相关文件
2025年12月13日 30 184 121
数据集概述 该数据集包含DPPC脂质双层膜在全水合条件下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，基于GROMOS 53A6_L力场和Reaction Field静电计算方法，模拟时长100纳秒，温度323K，含128个DPPC分子与5841个水分子，为膜结构研究提供数据支持。 文件详解 文件名称: md.tpr，文件格式:...
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基于NMR_NOE对距离测量的全原子核酸力场精准优化数据集
2025年12月11日 30 23 3
数据集概述 本数据集提供两种优化后的全原子核酸力场文件，基于核磁共振NOE对距离测量结果进行精准优化，以GROMACS格式存储，支持分子动力学模拟研究。 文件详解 文件名称：OL3_vdW7.ff.zip，文件格式：ZIP压缩包，包含GROMACS格式的OL3-vdW7核酸力场文件...
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选择性雄激素受体调节剂与蛋白质相互作用的计算研究数据集
2025年12月10日 30 146 93
数据集概述 本数据集围绕选择性雄激素受体调节剂（SARMs）展开，通过计算方法研究其与雄激素受体、5-α还原酶蛋白的相互作用，包含相关分子动力学轨迹文档及输入参数文件。 文件详解 PDF文档文件（共11个）：...
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腔肠素吸收光谱建模数据集
2025年12月10日 30 107 1
数据集概述 该数据集支持一项关于腔肠素吸收光谱的建模研究，核心围绕内部柔性、态间耦合及显式环境调控的作用展开。包含分子动力学输入文件、优化结构文件、线性振动耦合文件及说明文档，为研究腔肠素光谱特性提供数据支持。 文件详解 文件名称: Readme.txt 文件格式: TXT (.txt) 内容:...
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MD模拟与AFM图像文件数据集
2025年12月9日 30 17 13
数据集概述 本数据集包含两类核心内容：一类是通过GROMACS 4.7.0进行的分子动力学（MD）模拟数据，研究不同单价（Na+、K+）和二价（Mg2+、Ca2+、Sr2+）阳离子与Drew-Dickerson B-DNA十二聚体的相互作用；另一类是通过JPK Nanowizard ULTRA...
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聚合物_脂质溶液分子动力学模拟的RNN预测数据集2022
2025年12月8日 30 209 175
数据集概述 本数据集包含用于研究聚合物-脂质溶液分子动力学模拟的文件与脚本，涉及GROMACS拓扑结构、初始结构文件，以及用于计算相互作用能、PyTorch模型训练和期望最大化聚类的脚本，还包括势能与相互作用能时间序列数据及相关预印本。 文件详解 GROMACS相关文件： DSPE+PEG.top：GROMACS拓扑文件，描述DSPE-...
