数据集概述
本数据集包含三种系统的分子动力学模拟输入、参数及轨迹文件：Aβ₁₋₁₆在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）、Aβ₄₋₁₆在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）、Aβ₄₋₁₆–Cu(II)复合物在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）。模拟基于GROMACS 2020.6与CHARMM36m力场，含TB⁻、BA+等有机离子参数，pH 5条件下进行，可支持生物分子界面行为研究。
文件详解
- 压缩包文件（Archive files）
- 文件名称：Abeta_1_16.zip、Abeta_4_16.zip、Abeta_4_16_Cu.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：各系统独立压缩包，内包含对应系统的结构文件、力场参数、拓扑文件、轨迹文件等核心数据
- 文档文件（Document files）
- 文件名称：README.md
- 文件格式：MD
- 内容说明：数据集说明文档，包含研究背景、模拟工具（GROMACS 2020.6）、力场（CHARMM36m）及文件结构等信息
- 文件名称：folder_structure.txt
- 文件格式：TXT
- 内容说明：各系统文件夹的结构预览，展示子文件及子目录（如charmm36m_added.ff/）的层级关系
- 核心子文件（各系统压缩包内）
- .pdb文件：初始肽结构文件，含质子化状态信息
- .top文件：拓扑文件，引用所有力场组件
- .itp文件：分子定义及约束的包含文件
- .gro文件：最小化后溶剂化系统的坐标文件
- .xtc文件：100 ns的分子动力学轨迹文件
- charmm36m_added.ff/目录：完整力场目录，含DCE及有机离子（TB⁻、BA+等）的补充参数
数据来源
研究论文“Modulation of Amyloid-β Peptide Adsorption at the Biomimetic Liquid/Liquid Interface by Charge Regulation and Cu(II) Complexation”（Holzinger, Bhattacharya, et al., 2025，提交至JACS）
适用场景
- 生物分子界面行为研究：分析Aβ肽在水/二氯乙烷仿生界面的吸附特性及构象变化
- 金属离子-蛋白质相互作用分析：探究Cu(II)对Aβ₄₋₁₆肽结构及界面行为的调控机制
- 分子动力学模拟方法验证：基于GROMACS与CHARMM36m力场的生物分子模拟流程复现与优化
- 力场参数应用研究：评估含TB⁻、BA+等有机离子补充参数的CHARMM36m力场在液-液界面模拟中的适用性
- 神经退行性疾病相关机制探索：通过Aβ肽界面行为分析，为阿尔茨海默病等疾病的分子机制研究提供数据支持
