数据集概述
本数据集包含研究论文“SND3 is the membrane insertase within a distinct SEC61 translocon complex”相关的分子动力学模拟文件，涵盖原子级和粗粒化模拟的参数、配置及分析代码，支持复现研究中的计算与可视化结果。
文件详解
- 文件名称: SND3.zip（压缩包），内部包含以下目录结构：
- CODES目录: 含Jupyter Notebooks文件，用于计算和绘制天然接触时间演化、脂质尾部倾斜角分布
- ALL.ATOM目录: 含GROMACS原子级模拟（CHARMM36m力场）的MDP参数文件；REPLICAn（n=1,2,3）子目录含GRO配置、TOP拓扑、NDX索引、XVG/NPZ分析文件；toppar子目录含ITP力场参数
- COARSE.GRAINED目录: 含GROMACS粗粒化模拟（MARTINI3力场）的MDP、GRO、NDX、ITP、TOP、XVG文件
适用场景
- 分子生物学研究: 分析SND3作为膜插入酶的结构功能及与SEC61转运复合物的相互作用
- 计算生物学分析: 复现或扩展原子级/粗粒化分子动力学模拟的结果，探究蛋白质-脂质相互作用
- 生物物理机制研究: 研究脂质尾部倾斜角、天然接触时间等参数对膜蛋白功能的影响
- 计算方法验证: 测试CHARMM36m、MARTINI3力场在膜蛋白模拟中的适用性
