数据集概述
本数据集是面包果（Artocarpus altilis）及其野生近缘种驯化过程中正向选择的转录组筛选研究数据，包含转录组组装、变异检测及系统发育分析相关文件，可用于识别面包果驯化相关的候选基因，支撑改良品种开发与种质资源保护研究。
文件详解
- 文件名称：breadfruit.vcf.gz
- 文件格式：VCF（压缩格式）
- 字段映射介绍：包含面包果及其野生近缘种的基因变异信息，记录核苷酸多态性位点及正向选择信号相关的变异数据
- 文件名称：breadfruit_assemblies.tar
- 文件格式：TAR（压缩归档）
- 字段映射介绍：面包果参考转录组的从头组装结果归档，包含转录组序列及注释信息
- 文件名称：camansi_altilis_snapp.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：用于SNAPP（基于位点的 coalescent 方法）分析的配置文件，涉及面包果（altilis）与野生近缘种camansi的系统发育分析参数
数据来源
论文“A transcriptome screen for positive selection in domesticated breadfruit and its wild relatives (Artocarpus spp.)”
适用场景
- 面包果驯化基因挖掘: 分析VCF文件中的变异位点，识别MADS-box、类胡萝卜素合成等驯化相关的正向选择候选基因
- 转录组组装与注释研究: 利用tar归档的转录组组装数据，开展面包果基因组资源的补充与验证
- 系统发育与群体遗传学分析: 通过XML配置文件，进行面包果及其野生近缘种的群体结构与驯化历史研究
- 农业种质资源保护: 基于正向选择基因的分布特征，为面包果种质资源的多样性保护提供数据支撑
- 改良品种开发: 筛选与果实性状、营养品质相关的候选基因，指导面包果高产优质品种的分子育种
