数据集概述
本数据集为温带臭虫（Cimex lectularius）拟除虫菊酯抗药性的连锁图谱构建与QTL分析相关数据，包含基因分型数据、参考基因组重组、抗药性相关QTL定位等研究内容，涉及334个SNP标记、14个连锁群及抗药性候选基因定位，支持昆虫抗药性遗传机制研究。
文件详解
- 代码文件（.r、.sh格式）
- 文件名称：rqtl_format_conversion.R、remove_pcr_duplicates.sh、pair_end_alignment.sh、rqtl_mapping.R、make_genetic_map.R、stacks_refmap.sh
- 文件格式：R脚本、Shell脚本
- 字段映射介绍：包含连锁图谱构建、基因分型数据处理、QTL分析、参考基因组比对等分析流程的代码文件
- 数据文件（.tsv、.csv格式）
- 文件名称：stacks_raw_genotypes.tsv、bedbugs_cross_final_100316.csv、bedbugs_raw_filtered.csv
- 文件格式：TSV、CSV
- 字段映射介绍：包含臭虫F2群体的SNP基因分型数据（如样本ID、基因型标记）、抗药性表型数据（如res字段）及标记位点信息（如r6145_NW_014465111等标记列）
- 压缩文件（.zip格式）
- 文件名称：stacks_catalogue_output.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含RAD-sequencing分析生成的目录输出文件
数据来源
论文“A linkage map and QTL analysis for pyrethroid resistance in the bed bug Cimex lectularius”
适用场景
- 昆虫抗药性遗传机制研究: 分析臭虫拟除虫菊酯抗药性的QTL定位及候选基因功能
- 连锁图谱构建与验证: 基于SNP标记数据构建臭虫遗传连锁图谱，支持基因组组装优化
- 抗药性分子标记开发: 筛选与抗药性相关的分子标记，应用于田间监测
- 害虫防控策略优化: 基于抗药性遗传基础研究，制定针对性的臭虫防控方案
- 基因组学数据分析方法验证: 验证RAD-sequencing在昆虫遗传研究中的应用流程
