数据集概述
本数据集为蚁-植物共生系统趋同演化研究相关数据,包含Myrmelachista属蚂蚁的超保守元件(UCE)基因组学数据、祖先状态重建文件、系统发育树文件等。研究通过分子系统发育分析揭示该属蚂蚁从机会主义到专性共生的独立演化事件,支持趋同演化假说,共包含七个文件。
文件详解
- 说明文档
- 文件名称:README.md
- 文件格式:MD
- 字段映射介绍:数据集说明文档,包含数据来源DOI链接、UCE contigs文件内容描述等信息。
- 祖先状态重建(R语言)文件
- 文件名称:ASR_R_Myrmelachista.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:包含使用R语言进行祖先状态重建的相关数据。
- UCE contigs文件
- 文件名称:UCE_contigs.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:包含45个分类群的2103个对齐UCE contigs,每个样本对应一个FASTA文件(如Brachymyrmex_admotus_EXRP163.contigs.fasta)。
- 系统发育树文件
- 文件名称:Tree_files.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:包含系统发育分析相关的树文件。
- 对齐序列文件
- 文件名称:align-nexus-gblocks-names-75.phylip.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:包含经过Gblocks处理的75%名称保留的对齐序列数据,格式为PHYLIP。
- 祖先状态重建(BayesTraits)文件
- 文件名称:ASR_BayesTraits_Myrmelachista.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:包含使用BayesTraits软件进行祖先状态重建的相关数据。
- BEAST分析文件
- 文件名称:beast_xml_file.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:包含BEAST软件分析使用的XML输入文件。
数据来源
Dryad数据库(DOI: 10.5061/dryad.4j0zpc8m9)
适用场景
- 生物演化研究:分析Myrmelachista属蚂蚁从机会主义到专性共生的演化路径,验证趋同演化假说。
- 分子系统发育分析:利用UCE contigs和树文件开展蚁科昆虫的系统发育关系研究。
- 祖先状态重建:通过ASR相关文件探究蚁-植物共生系统的祖先状态及演化转变机制。
- 生物共生关系机制研究:探讨驱动专性共生演化的选择压力及性状转变的相似机制。