数据集概述
该数据集为fairy wrasses（Teleostei: Labridae: Cirrhilabrus）进化辐射的系统基因组学分析补充材料，包含基因树、系统发育树、矩阵文件、电子补充材料文档等29个文件，用于支持相关研究的结果验证与深入分析。
文件详解
- 基因树与系统发育树文件：
- GGI_unconstrained__gene_trees.zip：基因树压缩文件
- ASTRAL_75P_occupancy.tre：ASTRAL方法构建的75%占用率系统发育树
- FigTree_copy.tre：FigTree格式的系统发育树
- 75%UCE_ONLY.tre：仅含75%UCE的系统发育树
- ASTRAL_variable_loci.tre：可变位点的ASTRAL系统发育树
- ASTRAL_10BS.tre：10次bootstrap的ASTRAL系统发育树
- Topologies_GGI.zip：GGI拓扑结构压缩文件
- 矩阵文件：
- 95P_occupancy_matrix.phy：95%占用率矩阵文件
- 75P_occupancy_matrix_COI.phy：含COI的75%占用率矩阵文件
- 75P_occuancy_matrix.phy：75%占用率矩阵文件
- 电子补充材料与表格：
- Electronic_Supplementary_Material.pdf：电子补充材料PDF文档
- ESM_TableS2.docx、ESM_TableS4.docx、ESM_TableS5.docx：补充表格文档
- PhyloMAd_statistics.xlsx、output2.PhyloMAd.xls：PhyloMAd统计结果文件
- 脚本文件：
- batch_rename_taxa.sh、prune_phy.sh、prune_nex.sh：数据处理脚本
- 其他文件：
- READ_ME：说明文件
- UCE_nexus_pruned.zip：修剪后的UCE nexus文件压缩包
适用场景
- 鱼类系统发育研究：分析fairy wrasses的进化关系与分类地位
- 基因组学数据分析：验证UCEs在浅时间尺度系统发育研究中的应用价值
- 生物地理学研究：探究fairy wrasses的时空分化模式与珊瑚三角区起源
- 进化生物学方法学：评估基因树不一致性对系统发育推断的影响
