数据集概述
本数据集为安第斯山脉“湾背蚁鸫”复合体（Grallaria hypoleuca s. l.）物种形成历史研究的序列数据与系统发育分析结果，包含线粒体DNA与GBS技术生成的短读序列，以及系统发育树、基因分型等文件，共16个文件，用于解析该鸟类类群的地理分化历史与演化过程。
文件详解
- 系统发育树文件（.tree、.trees格式）
- 示例文件：RAxML_bipartitions.c85d10m7p3s7_b1000.tree、ND2_forBEAST_3.10.15.trees
- 内容说明：包含基于线粒体DNA和GBS位点构建的高分辨率系统发育关系树，标注分支支持度，用于推断类群间的演化关系
- 序列比对文件（.phy格式）
- 示例文件：c85d10m8p3sALL.phy、c85d10m7p3s7.phy
- 内容说明：线粒体DNA与GBS短读序列的比对结果文件，为系统发育分析提供原始序列数据
- 基因分型文件（.vcf格式）
- 示例文件：c85d10m14p3s14_hyp2.ER.CAsplit.vcf.vcf
- 内容说明：GBS技术生成的单核苷酸多态性（SNP）位点数据，记录样本的基因分型信息
- 分析日志与配置文件（.log、.xml格式）
- 示例文件：ND2_forBEAST_3.10.15.log、c85d10m12p3s14.xml
- 内容说明：包含BEAST等分析工具的运行日志与参数配置，记录分析过程的关键信息
数据来源
论文“Inferring speciation history in the Andes with reduced-representation sequence data: an example in the bay-backed antpittas (Aves; Grallariidae; Grallaria hypoleuca s. l.)”
适用场景
- 安第斯山脉生物演化研究：解析湾背蚁鸫类群的地理分化历史，验证隔离分化与扩散介导的物种形成假说
- 系统发育关系构建：利用线粒体DNA与GBS序列数据重建类群间的演化关系，分析分支支持度与分化时间
- 遗传结构分析：通过SNP位点数据探究种群的遗传分化程度与基因流模式
- 生物地理假说验证：结合系统发育树与地理分布信息，检验安第斯山脉物种形成与地质气候事件的关联
- 演化基因组学方法应用：评估GBS技术在解析短节点系统发育关系中的有效性，为类似研究提供方法参考
