数据集概述
本数据集为哲罗鲑（Hucho taimen）的转录组从头组装与特征分析结果，包含转录组序列、功能注释、基因家族分析、正选择基因鉴定及微卫星标记等数据，共11个压缩文件，可用于研究该濒危物种的保护遗传学、系统发育及进化机制。
文件详解
- 文件名称：Index_and_primers_for_genotype.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含基因型分析所用的索引文件及引物序列
- 文件名称：Trinotate.tsv.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：Trinotate软件生成的转录本功能注释结果表格，含数据库注释信息
- 文件名称：transcriptome.embl.dat.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：EMBL格式的转录组序列数据文件
- 文件名称：SNP.vcf.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：VCF格式的单核苷酸多态性（SNP）数据文件
- 文件名称：KEGG.txt.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：KEGG通路注释结果文本文件
- 文件名称：GO.txt.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：基因本体（GO）注释结果文本文件
- 文件名称：TransDecoder.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：TransDecoder软件预测的编码序列及开放阅读框数据
- 文件名称：SSR.primers.txt.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：微卫星（SSR）标记引物序列文本文件
- 文件名称：microsatellite_pipeline.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：微卫星标记鉴定所用的分析流程脚本及相关文件
数据来源
De novo assembly and characterization of the Hucho taimen transcriptome
适用场景
- 保护遗传学研究：分析哲罗鲑遗传多样性与种群结构，为濒危物种保护提供数据支持
- 系统发育分析：基于转录组数据研究鲑科鱼类的系统发育关系及进化历程
- 基因功能注释：利用GO、KEGG注释结果解析哲罗鲑基因的生物学功能
- 正选择基因研究：鉴定并分析哲罗鲑免疫相关等正选择基因，探究适应性进化机制
- 分子标记开发：使用微卫星标记数据开展种群遗传分析及辅助育种
- 转录组进化分析：比较哲罗鲑与大西洋鲑、虹鳟等物种的转录组差异，研究基因组进化特征
