数据集概述
本数据集围绕PickMe算法展开，该算法通过贝叶斯框架为基因树中的四分体拓扑分配后验概率，计算样本可靠性得分以辅助物种树重建的样本选择。数据集包含算法应用于乳草属目标捕获数据的相关文件，为系统发育基因组学研究提供样本筛选工具支持。
文件详解
- ReadMe.txt：文本格式，包含数据集描述、文件说明及文章引用信息，说明数据对应待发表文章《PickMe: Sample selection for species tree reconstruction using coalescent weighted quartets》。
- new_species_Tree.cf.tree：.tree格式，新生成的物种树文件。
- OldSpeciesTree.cf.tree：.tree格式，原物种树文件。
- estimated-gene-trees-RAxML：无扩展名，RAxML方法估计的基因树文件。
- estimated-gene-trees-Gates.tre：.tre格式，Gates方法估计的基因树文件。
- esitmated-gene-trees-NJ-Uncorrected：无扩展名，非校正NJ方法估计的基因树文件。
- SupplementalTable.pdf：.pdf格式，文章中引用的补充表格，展示PickMe与其他方法对样本的分类结果。
- Milkweed-Sequence-Files.zip：.zip格式，乳草属序列数据压缩包，包含分析所用的序列文件。
适用场景
- 系统发育基因组学研究：辅助筛选可靠样本以构建物种树。
- 基因树与物种树关系分析：基于四分体拓扑后验概率研究基因树与物种树的一致性。
- 生物信息学工具验证：验证PickMe算法在样本选择中的有效性。
- 植物系统发育研究：以乳草属数据为例，应用于特定类群的系统发育分析。
