数据集概述
本数据集包含用于系统发育模拟研究的SimPhy配置脚本压缩包，支持探究物种树推断方法在存在旁系同源（paralogy）和/或不完全谱系分选（ILS）情况下的鲁棒性。研究通过模拟及生物数据集分析，验证ILS感知方法处理旁系同源数据的准确性，扩展可用分析位点数量。
文件详解
- 文件名称：
simphy-configuration-files.zip
- 文件格式：ZIP（压缩包）
- 字段映射介绍：压缩包内包含SimPhy模拟所需的配置脚本文件，具体字段需解压后查看脚本内容，推测包含物种树结构、基因树生成参数、旁系同源与ILS模拟参数等配置项。
数据来源
研究论文“Species tree inference methods intended to deal with incomplete lineage sorting are robust to the presence of paralogs”
适用场景
- 系统发育方法鲁棒性验证：测试ILS感知物种树推断方法在旁系同源存在时的准确性与稳定性。
- 进化模拟参数优化：通过配置脚本调整SimPhy模拟参数，探究旁系同源、ILS对物种树推断的影响机制。
- 生物信息学工具开发：为开发兼容旁系同源数据的系统发育分析工具提供模拟数据支撑。
- 进化生物学研究：辅助研究基因组数据中旁系同源与ILS的共存模式及对物种演化关系推断的影响。
