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AUGT_Based_异常无根基因树概率研究数据
2026年2月1日 30 141 101
数据集概述 本数据集是论文《Anomalous unrooted gene trees》的补充数据，聚焦多物种溯祖模型下无根基因树拓扑结构的概率问题。核心内容包括7个及以上类群物种树中存在异常无根基因树（AUGTs）的分支长度条件，以及5-6类群物种树中AUGTs的特征，同时探讨了导致AUGTs与有根异常基因树（AGTs）的分支长度模式。 文件详解...
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SimPhy_Based_物种树推断方法模拟配置脚本数据
2026年1月30日 30 180 22
数据集概述 本数据集包含用于系统发育模拟研究的SimPhy配置脚本压缩包，支持探究物种树推断方法在存在旁系同源（paralogy）和/或不完全谱系分选（ILS）情况下的鲁棒性。研究通过模拟及生物数据集分析，验证ILS感知方法处理旁系同源数据的准确性，扩展可用分析位点数量。 文件详解 文件名称：simphy-configuration-files.zip...
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Salmo_ischchan_塞凡湖鳟鱼基因组进化研究数据
2026年1月30日 30 207 62
数据集概述 本数据集为塞凡湖鳟鱼（Salmo ischchan）物种群进化研究的基因组数据，包含6个文件，涵盖线粒体DNA多序列比对、核基因SNP数据、进化分析相关的数据文件及说明文档，支持系统发育树构建、群体结构分析、基因流检测等进化生物学研究，助力解析塞凡湖鳟鱼物种群的形成机制与进化历史。 文件详解 核基因SNP数据文件...
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DeGiorgioDegnan_Based_物种树推断稳健性研究数据
2026年1月23日 30 94 12
数据集概述 本数据集围绕物种树推断的稳健性展开，对比MP-EST、STAR、STEAC、STELLS和STEM等方法在处理最大似然与贝叶斯基因树时的表现，分析分歧时间低估对推断准确性的影响，包含1个压缩文件，用于系统发育方法的性能评估与误差机制研究。 文件详解 文件名称：DeGiorgioDegnanRobustness.zip 文件格式：ZIP...
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Liolaemus_darwinii_Based_物种树准确性与精确性研究数据
2026年1月20日 30 11 10
数据集概述 本数据集围绕南美蜥蜴Liolaemus darwinii物种组的物种树推断展开，包含12个文件，涉及基因座、个体及序列长度采样策略对物种树准确性与精确性的影响分析，涵盖模拟数据、文档附录、序列文件等，用于评估*BEAST方法在不同采样策略下的性能。 文件详解 文档类文件（.docx格式，共7个）...
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Etheostoma_Based_北美中部高地鱼类隐存种形成逆转及系统发育分析数据
2026年1月15日 30 94 54
数据集概述 本数据集围绕北美中部高地Etheostoma zonale物种组的隐存种形成逆转现象展开，包含线粒体与核基因位点数据，用于分析类群系统发育关系、分化程度及基因渐渗对物种树推断的影响，涉及更新世种内分化、上新世隐存种及种间基因渐渗等研究内容，共含8个文件。 文件详解 压缩文件（Archive files）...
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Philippine_Gonocephalus_群岛范围森林龙多基因座系统发育研究数据
2026年1月14日 30 169 42
数据集概述 本数据集为菲律宾森林龙（Agamidae科：Gonocephalus属）群岛范围调查的多基因座系统发育数据，包含7个相关文件，用于揭示该生物多样性热点地区前所未有的遗传多样性，支持物种界定统计和系统发育推断研究。 文件详解 系统发育分析文件（XML格式，共5个）...
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multispecies_coalescent_Based_系统基因组学模型比较与验证研究数据
2026年1月11日 30 8 2
数据集概述 本数据集为系统基因组学模型比较研究的配套数据，包含47个跨生命树的系统基因组数据集的模型验证与比较结果，涉及替换模型、串联模型和多物种溯祖模型（MSC）的适用性评估，揭示不同模型在系统发育分析中的拟合度差异及影响因素。 文件详解 压缩文件（model_validation_data.zip）...
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New_World_chickadees_Species_Tree_Inference_Data
2026年1月9日 30 162 26
数据集概述 本数据集围绕新世界山雀（Aves: Poecile）物种树推断展开，探究采样设计对系统发育关系准确性的影响，包括所需基因座数量、基因座属性（简约信息性、变异性等）的作用。使用40个核基因座和线粒体DNA，通过四种基于溯祖的物种树推断方法分析，支持黑顶山雀与卡罗莱纳山雀的姐妹群关系，为近缘类群的系统发育研究提供参考。 文件详解...
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稻属植物3号染色体基因树不一致性分析数据集
2025年12月23日 30 17 3
数据集概述 本数据集围绕稻属植物3号染色体短臂基因组序列，通过20种分析流程探究基因树不一致性的方法学与生物学成因，分析数据选择、比对等环节对结果的影响，为物种树推断及稻属进化研究提供数据支持。 文件详解 文档类文件： onlineAppendices.docx：DOCX格式，可能包含在线附录的详细说明...
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SpeciesTopoTestR物种树似然检验补充图表
2025年12月20日 30 118 49
数据集概述 本数据集为R包SpeciesTopoTestR的补充图表，聚焦基于似然法的物种树拓扑检验。该R包针对多物种溯祖模型下的物种树推断，开发了类似基因树检验的似然框架，通过模拟与实证数据演示其应用、局限性及注意事项，图表用于辅助说明相关方法与结果。 文件详解 文件名称: _SupplementaryFigures_1Oct2020a.pdf...
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多物种溯祖模型下基因组数据贝叶斯分析的测序与基因分型错误影响数据集
2025年12月14日 30 78 56
数据集概述 该数据集包含论文《多物种溯祖模型下基因组数据贝叶斯分析的测序与基因分型错误影响》中使用的BPP控制文件，围绕物种树推断、MSC-I模型参数估计、MSC-M模型参数估计三类场景设计，提供模拟数据生成及分析所需的控制文件，支持不同错误率与定相策略下的基因组数据分析研究。 文件详解 压缩文件包： A00.I.zip：包含MSC-...
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多基因座多物种溯祖模型与基因家族进化数据集
2025年12月15日 30 66 28
数据集概述 该数据集围绕“多基因座多物种溯祖”（MLMSC）模型展开，该模型是一种用于分析基因家族进化的新模型，整合了不完全谱系分选（ILS）与基因复制、转移、丢失（DTL）的相互作用，为基因树与物种树的模拟和推断提供框架。 文件详解 数据文件： 文件名称：hemiplasy_data.xlsx 文件格式：Excel（.xlsx）...
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澳大利亚蜥蜴基因树不确定性与物种树推断数据集
2025年12月10日 30 71 51
数据集概述 该数据集围绕澳大利亚蜥蜴属（Cryptoblepharus）的系统发育研究，通过筛选约2000个外显子基因座，分析基因树分辨率对基于合并模型的物种树推断的影响，探索拓扑结构和支持度变化，为基因组数据的系统发育分析方法优化提供依据。 文件详解 压缩文件（.gz格式）：...
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伪直向同源基因频率与拓扑结构支持信息
2025年12月9日 30 130 5
数据集概述 本数据集为伪直向同源基因相关研究的支持信息，聚焦系统发育学中伪直向同源基因的频率、拓扑结构概率及参数空间分布，通过模型计算其对系统发育推断的影响，包含分析代码与文档文件。 文件详解 文件名称: AppendixA.Rmd 文件格式: R Markdown (.rmd) 内容说明:...
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异源多倍体同源基因亲本基因组分配与物种树推断数据集_烟堇属案例
2025年12月7日 30 10 0
数据集概述 本数据集围绕异源多倍体物种中同源基因向亲本基因组的分配方法展开，旨在解决复杂进化历史下的物种树推断问题。以植物烟堇属（罂粟科）为研究案例，包含用于基因组系统发育分析的序列比对文件及补充说明文档，为多倍体物种的网状进化关系研究提供数据支持。 文件详解 核心序列文件（.nex格式）：...
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墨西哥跨墨西哥火山带山地丛生草蜥蜴Sceloporus_subniger的隐秘多样性数据集
2025年12月5日 30 198 152
数据集概述 该数据集围绕墨西哥跨墨西哥火山带分布的山地丛生草蜥蜴Sceloporus subniger的隐秘多样性展开，包含线粒体DNA、UCE基因组数据及形态学测量结果，用于验证该物种是否为复合种，支持新物种描述的遗传与形态学证据。 文件详解...
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概率物种树距离数据集
2025年12月4日 30 77 67
数据集概述 该数据集围绕概率物种树距离方法展开，基于多物种溯祖模型（MSC），将基因树距离理论扩展至物种树模型比较，包含相关补充材料，为系统发育树模型的概率化比较研究提供支持。 文件详解 文件名称：SupplementaryFigure01_11Dec2018.pdf 文件格式：PDF...
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细趾蝾螈物种树推断影响因素实证研究数据集
2025年12月4日 30 16 9
数据集概述 本数据集围绕细趾蝾螈（Batrachoseps）的物种树推断展开，包含22个物种的5个核基因与1个线粒体基因数据，用于分析推断方法、种群取样及基因取样对物种树拓扑结构的影响，为研究不同方法在实证数据中的表现提供支持。 文件详解 分析脚本与说明文件：...
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两步法多物种溯祖模型全似然物种树推断数据集
2025年12月4日 30 156 112
数据集概述 该数据集包含用于两步法多物种溯祖模型全似然物种树推断的模拟与分析脚本，支持基因树生成、DNA序列模拟及五种基于溯祖模型的物种树估计方法的数据分析。 文件详解 文件名称：two-step_msc.zip 文件格式：ZIP压缩包 内容说明：压缩包内包含两类脚本，一是模拟脚本（生成带不完全谱系分选的基因树、基于Jukes-...
