数据集概述
本数据集基于4178个核基因座的靶向序列捕获数据，对32种有鳞目爬行动物（蜥蜴和蛇）及5个外类群进行系统发育基因组学分析。通过串联法和物种树方法，明确蛇类在蜥蜴科中的起源位置，解决了鬣蜥类蜥蜴的争议性分类地位。数据集包含6个文件，为研究有鳞目高级分类关系提供强支持的假设。
文件详解
- RAxML输入文件（TXT格式）
- 文件名称：36_taxa_infile_reduced_RAxML.txt、37_taxa_infile_reduced_RAxML.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含36或37个分类单元的序列数据，以chrysemys_picta为外类群，记录核苷酸序列（如---TACCTCGCAGAGGAAGGTGAAGATGCCCTGGTGTTCCTTCAGGAGCTTGGCAATGGTCAAGTTGCCCCGCTTGATCCCTCCCAGCGGGTCAAAGAGGAGGTCACGATTGAGTGTTCCCTTCCTTTCCTCCGTCCACACGTCGATCTCCTCCTGGTGGTACGCGAAGGTGC）
- ASTRAL分析文件（ZIP格式）
- 文件名称：ASTRAL_36_taxa_4175_best_trees.zip、ASTRAL_36_taxa_4715_alignments.zip、ASTRAL_37_taxa_4178_alignments.zip、ASTRAL_37_taxa_4178_best_trees.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含36或37个分类单元的4175-4178个基因座的比对文件（alignments）和最优树文件（best_trees），用于物种树构建和系统发育关系分析
数据来源
论文“Phylogenomic analyses of more than 4000 nuclear loci resolve the origin of snakes among lizard families”
适用场景
- 爬行动物系统发育研究：解析蛇类在蜥蜴科中的起源位置及有鳞目高级分类关系
- 基因组学数据分析：利用4000余个核基因座数据开展串联法与物种树方法的比较分析
- 生物分类学争议解决：验证鬣蜥类蜥蜴的系统发育地位及相关分类学争议
- 进化生物学研究：探究有鳞目爬行动物的物种分化与进化历史
