数据集概述
本数据集为浅进化时间尺度比较研究的超保守元件(UCEs)目标捕获与大规模平行测序数据,包含5种新热带界雨林鸟类的776-1516个UCE位点,53-77%位点具多态性,平均每个多态位点含2.0-3.2个可变位点,可用于物种树构建、溯祖建模及物种界定等分析。
文件详解
- 主数据压缩包
- 文件名称:full.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:包含研究核心数据的压缩文件,具体内容未提供预览
- 补充方法文档
- 文件名称:Supp Methods.docx
- 文件格式:DOCX
- 字段映射介绍:记录研究方法细节的文档
- 补充表格文档
- 文件名称:Supplementary Tables.docx
- 文件格式:DOCX
- 字段映射介绍:包含研究相关补充表格的文档
- 补充图表压缩包
- 文件名称:Supplemental Figures.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:包含补充图表的压缩文件
- GPhoCS输出补充数据
- 文件名称:Supplemental-data- GPhoCS-output.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:GPhoCS分析输出的补充数据表格
- 直系同源基因压缩包
- 文件名称:orthologs.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:包含直系同源基因数据的压缩文件
- 种间简化数据压缩包
- 文件名称:interspecies_reduced.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:种间分析用简化数据的压缩文件
- 种间完整数据压缩包
- 文件名称:interspecies_full.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:种间分析用完整数据的压缩文件
- 线粒体DNA与UCE分类单元序列文件
- 文件名称:mtDNA_UCE_taxa.fas
- 文件格式:FAS
- 字段映射介绍:包含线粒体DNA与UCE分类单元序列的FASTA文件
适用场景
- 生物进化研究: 用于浅进化时间尺度下物种系统发育关系构建与物种界定分析
- 遗传多样性分析: 研究非模式生物的基因多态性及遗传变异特征
- 分子生态学研究: 分析不同生境(如雨林冠层与林下)鸟类的种群遗传结构与分化历史
- 比较基因组学研究: 评估超保守元件作为遗传标记在跨物种比较研究中的有效性
- 种群动态建模: 利用溯祖模型分析物种的分化时间与有效种群大小等参数