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Cottus_Based_淡水杜父鱼姐妹类群系统地理学与历史杂交研究数据集
数据集概述 本数据集围绕加州淡水杜父鱼姐妹类群（Cottus gulosus和C. pitensis）的系统地理学与历史杂交研究展开，包含遗传标记分析结果、基因型数据及物种树文件，支持验证物种分布范围、杂交事件及系统地理断裂的研究假设，共9个文件。 文件详解 物种树与遗传树文件...
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Terapontidae_Based_鲈形目鱼类肠道发育与食性关系研究数据
数据集概述 本数据集记录了鲈形目（Terapontidae）鱼类肠道长度的个体发育过程及其与食性的关系。研究基于28种鲈形目鱼类的分子系统发育数据，分析肠道长度变异性的系统发育发展及与食性的相关性，探讨肠道复杂性发育对食性分化的影响，包含5个相关文件。 文件详解 文件名称：tera.gut.trees.450.txt 文件格式：TXT...
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Aphelocoma_SpeciesTree_鸦属物种分化时间校准与模拟数据
数据集概述 本数据集围绕Aphelocoma鸦属物种分化时间校准展开，对比物种树与基因树在分化时间估算中的差异，探讨物种形成与地质事件的关联。包含物种树校准文件与模拟代码，为研究物种分化历史提供数据支持。 文件详解 文件名称：SpeciesTreeAphelocomawithinstructions.xml 文件格式：XML...
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Liolaemus_darwinii_Based_物种树准确性与精确性研究数据
数据集概述 本数据集围绕南美蜥蜴Liolaemus darwinii物种组的物种树推断展开，包含12个文件，涉及基因座、个体及序列长度采样策略对物种树准确性与精确性的影响分析，涵盖模拟数据、文档附录、序列文件等，用于评估*BEAST方法在不同采样策略下的性能。 文件详解 文档类文件（.docx格式，共7个）...
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Molecular_Pleuronectiformes_单系性分子证据研究数据
数据集概述 本数据集为支持鲽形目（Pleuronectiformes）单系性的分子证据研究数据，包含基因树、补充表格及组合数据集等文件。针对该类群进化关系的争议，通过重新分析现有数据并结合新数据，明确支持其单系性，反驳了不对称体型独立起源的观点，为解决系统发育难题提供数据支撑。 文件详解 文件名称：GENE_TREES_STAR_SP_TREE.tre...
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Centrarchidae_Source_鲈科鱼类系统发育与多样化时间尺度研究数据
数据集概述 本数据集聚焦北美淡水鱼类鲈科（Centrarchidae）的系统发育与多样化时间尺度研究，包含16个核基因的DNA序列数据、形态学数据集及化石校准信息，覆盖几乎所有已知及未描述物种，用于解析鲈科鱼类的演化关系与分化时间。 文件详解 基因序列文件（.nex格式，34个）...
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Dryad_Based_石龙子科蜥蜴物种树与串联估计比较分析数据_Archive
数据集概述 本数据集聚焦石龙子科蜥蜴系统发育研究，对比物种树方法与串联分析的差异。包含17个内群分类群的10个核基因数据及12个分类群的44个基因数据，验证短分支、弱支持及基因树冲突对两种方法结果的影响，探讨分类群与基因采样的重要性，支持石龙子科三分亚科的结论。 文件详解 压缩文件 文件名称：For_Dryad.zip 文件格式：ZIP...
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Dryad_Andean_Freziera属系统基因组数据集_v9s4mw72k
数据集概述 本数据集为安第斯山脉云雾林特有植物Freziera属（五列木科）的首个系统基因组研究数据，基于50个物种（约占总物种数的三分之二）的标本馆样本，通过Angiosperms353通用基因座的杂交富集靶向测序捕获获得。数据揭示了该属系统基因组复杂性，包括大量旁系同源基因座和基因树冲突，为解析其演化历史提供基础。 文件详解 README.md...
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Ischyropsalidoidea_Based_节肢动物超科系统发育基因组学分析数据
数据集概述 本数据集是针对盲蛛超科Ischyropsalidoidea系统发育关系的基因组学分析成果，包含10个相关文件。通过整合转录组与桑格测序数据，采用多种系统发育分析方法（如串联法、溯祖法等），解决了该类群早期分化的系统发育问题，为节肢动物分类与演化研究提供了数据支持。 文件详解 基因树文件...
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Hybridization_Detection_Based_基因树额外谱系似然计算模型数据
数据集概述 本数据集围绕基因树与物种树不一致的检测方法展开，聚焦于在存在不完全谱系分选（ILS）的情况下，通过额外谱系数量的似然计算来检测杂交事件。提供了相关R函数、解释说明及教程，可用于模拟基因树、评估不同基因流水平模型的似然性，以识别物种间的基因流。 文件详解 README_for_supplementary.txt 文件格式：TXT...
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Themeda_Hybridisation_澳洲Triandra谱系杂交与叶绿体捕获研究数据
数据集概述 本数据集围绕澳洲Themeda triandra不同谱系的杂交与叶绿体捕获现象展开，支持对该物种生态型适应性、进化历史及基因交流机制的研究。包含全基因组测序数据、细胞器基因组数据及系统进化分析结果，涉及核DNA、核糖体DNA、线粒体DNA和叶绿体DNA四类遗传物质的序列与树文件。 文件详解 README 文件格式：无扩展名...
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New_World_chickadees_Species_Tree_Inference_Data
数据集概述 本数据集围绕新世界山雀（Aves: Poecile）物种树推断展开，探究采样设计对系统发育关系准确性的影响，包括所需基因座数量、基因座属性（简约信息性、变异性等）的作用。使用40个核基因座和线粒体DNA，通过四种基于溯祖的物种树推断方法分析，支持黑顶山雀与卡罗莱纳山雀的姐妹群关系，为近缘类群的系统发育研究提供参考。 文件详解...
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Triturus_Newts_Species_Tree_Phylogenetic_Analysis_Data
数据集概述 本数据集围绕Triturus属蝾螈的快速物种辐射展开系统发育分析，包含38个基因标记的454测序数据，覆盖9个物种共20个个体。通过数据拼接、贝叶斯一致性分析及溯祖法物种树估计等方法，探究基因树冲突与物种树构建的复杂性，揭示不完全谱系分选等因素对结果的影响。 文件详解 454测序原始数据...
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变形菌门互利共生菌进化起源与多样化数据集
数据集概述 本数据集围绕变形菌门互利共生菌的进化起源与多样化展开，包含用于系统发育重建的基因序列、相关分析结果及说明文档，为研究细菌互利共生表型的演化路径提供数据支持。 文件详解 说明文档类： README.txt：文本格式，提供数据集核心说明，包括物种树信息、基因序列选择标准（如dnaG、frr等保守且无水平转移的基因）...
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PickMe算法物种树重建样本选择数据集
数据集概述 本数据集围绕PickMe算法展开，该算法通过贝叶斯框架为基因树中的四分体拓扑分配后验概率，计算样本可靠性得分以辅助物种树重建的样本选择。数据集包含算法应用于乳草属目标捕获数据的相关文件，为系统发育基因组学研究提供样本筛选工具支持。 文件详解...
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园丁鸟造亭行为平行演化系统基因组学数据集
数据集概述 本数据集围绕园丁鸟造亭行为的演化机制展开，通过系统基因组学方法构建物种树，验证单配制猫鸟分支与多配制造亭物种的亲缘关系，探讨造亭行为是祖先性状丢失还是平行演化的结果，为理解这一独特行为的起源提供数据支持。 文件详解 归档文件（.tar格式）： alignments_exons.tar：包含5653个外显子位点的比对文件...
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鸽羽虱属系统发育基因组学研究数据集
数据集概述 本数据集为鸽羽虱属（Columbicola）系统发育基因组学研究的核心成果，包含通过目标限制组装法从微小乙醇保存样本中获取的977个直系同源基因序列，覆盖61种羽虱。数据集提供了高支持度的物种树、补充材料及表格数据，为解析鸽羽虱与宿主的协同进化、生物地理分布及宿主转换机制提供了关键数据支撑。 文件详解...
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红衣主教唐纳雀属系统基因组学测序方法比较数据集
数据集概述 本数据集围绕红衣主教唐纳雀属（Piranga）的系统基因组学研究展开，对比了RAD-seq和UCEs两种测序方法在不同分类水平下的系统发育推断效果，包含两种方法的测序数据、物种树分析结果及补充信息，为鸟类系统发育研究提供数据支持。 文件详解 压缩文件（.zip格式）： uce_raxml.zip：UCE数据的RAxML分析结果文件...
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基因树与物种树差异对系统发育树形状和分支时间影响数据集
数据集概述 本数据集围绕基因树与物种树差异对系统发育树形状和分支时间的影响展开，通过模拟和实证分析，探究基因树不一致性是否能解释宏观进化模型预测与经验模式的不匹配，为系统发育分析假设的合理性提供数据支持。 文件详解 该数据集包含一个PDF格式的文档文件，具体如下： - 文件名称: Balance_SI.pdf - 文件格式: PDF (.pdf) -...
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未排序同源性与基因座及物种树数据集
数据集概述 该数据集围绕进化生物学中的同源性概念展开，聚焦分子层面的直系同源、旁系同源与异源同源分类，探讨测序技术发展下多基因座及多物种个体数据对基因与生物历史区分的影响。 文件详解 文件名称：Supplementary Material.pdf 文件格式：PDF...
