数据集概述
本数据集围绕园丁鸟造亭行为的演化机制展开，通过系统基因组学方法构建物种树，验证单配制猫鸟分支与多配制造亭物种的亲缘关系，探讨造亭行为是祖先性状丢失还是平行演化的结果，为理解这一独特行为的起源提供数据支持。
文件详解
- 归档文件（.tar格式）：
- alignments_exons.tar：包含5653个外显子位点的比对文件
- alignments_introns.tar：包含7020个内含子位点的比对文件
- iqtrees_exons.tar：外显子位点的IQ-TREE分析结果文件
- iqtrees_introns.tar：内含子位点的IQ-TREE分析结果文件
- 系统发育树文件：
- astral_5653_exons.tree：基于5653个外显子区域单基因树构建的ASTRAL物种树
- astral_7020_introns.tree：基于7020个内含子区域单基因树构建的ASTRAL物种树
- astral_all_loci.tree：整合所有位点的ASTRAL物种树
- 串联分析文件：
- concatenated_exon.trees：外显子位点串联分析的树文件
- concatenated_intron.trees：内含子位点串联分析的树文件
- concatenated_all.trees：所有位点串联分析的树文件
- 序列比对文件：
- concat_exon_40_taxa_nogaps.fasta：40个类群无间隙外显子串联比对文件
- concat_intron_40_taxa_nogaps.fasta：40个类群无间隙内含子串联比对文件
- mtgenome_coding_final_200106.fas：线粒体编码区序列文件
- 补充文件：
- Ericson_et_al_bowerbirds_supplement_for_Dryad.pdf：包含材料方法、图表及系统发育关系的补充文档
- bowerbird_timetree.nex：时间树分析文件
- readme.txt：数据集说明文件
适用场景
- 行为演化研究：分析园丁鸟造亭行为的起源与演化路径
- 系统基因组学分析：验证物种树构建方法在外显子/内含子数据中的应用效果
- 繁殖策略研究：探讨单配制与多配制繁殖系统的演化关系
- 生态适应性分析：研究环境因素对独特行为性状演化的影响机制
