数据集概述
本数据集是针对盲蛛超科Ischyropsalidoidea系统发育关系的基因组学分析成果，包含10个相关文件。通过整合转录组与桑格测序数据，采用多种系统发育分析方法（如串联法、溯祖法等），解决了该类群早期分化的系统发育问题，为节肢动物分类与演化研究提供了数据支持。
文件详解
- 基因树文件
- 文件名称：ep_RAxML_GeneTrees.zip、all5_672loci_PhyML-trees.zip、all5_672loci_MrBayes_treFiles.zip
- 文件格式：ZIP（压缩包内部含基因树文件）
- 内容说明：分别采用RAxML、PhyML、MrBayes方法构建的基因树结果，用于系统发育关系分析
- 序列比对与数据集文件
- 文件名称：all5_672loci_nex.zip、ep_NexusAlignments.zip、all5_672loci_concatRAxML.zip
- 文件格式：ZIP（压缩包内部含比对序列或数据集文件）
- 内容说明：包含672个基因位点的Nexus格式序列比对文件、串联数据集及RAxML分析结果
- 特征描述文件
- 文件名称：672lociCharacterizations_all5Dyspnoi.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 内容说明：记录672个基因位点的特征信息，用于数据集的基础描述与筛选
- 随机基因集文件
- 文件名称：RandomGeneSets.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：随机抽样的基因子集文件，用于评估系统发育推断的稳健性
数据来源
论文“Phylogenomic analyses resolve an ancient trichotomy at the base of Ischyropsalidoidea (Arachnida, Opiliones) despite high levels of gene tree conflict and unequal minority resolution frequencies”
适用场景
- 节肢动物系统发育研究：分析Ischyropsalidoidea超科的早期演化关系，解决分类学争议
- 基因组学方法验证：比较不同系统发育分析方法（串联法、溯祖法等）在解决古老分化事件中的效果
- 基因树冲突分析：探究基因树与物种树不一致的原因，评估不完全谱系分选等因素的影响
- 节肢动物演化模型研究：结合基因树冲突数据，验证多物种溯祖模型等统计模型的适用性
- 生物信息学方法应用：用于测试系统发育基因组学分析流程的稳健性与可靠性
