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光药理学应用_光开关共价激酶抑制剂构象景观数据集
数据集概述 本数据集为光药理学领域研究提供支持，包含光开关共价激酶抑制剂相关的分子模拟数据，覆盖不同体系的参数、拓扑结构及初始/最终构象文件，用于分析其构象景观特征。 文件详解 文件名称: Photopharmacology_in_Action.zip 文件格式: ZIP压缩包 包含内容:...
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SSVQE启发式量子算法应用于真实分子NMR哈密顿量的数值结果数据集
数据集概述 本数据集包含基于SSVQE启发式量子算法，对真实分子（磺胺醇、1,1,2-三氯乙烷、邻二氯苯、1,2-二氯丙烷）的NMR哈密顿量进行理想与量子执行的数值结果，为量子算法在分子模拟领域的应用提供数据支持。 文件详解 文件名称：numeric_results.zip 文件格式：ZIP压缩包...
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数据4_甲基化核苷通过核苷磷酸化酶多样化的补充信息
数据集概述 本数据集为研究论文《4'-甲基化核苷通过核苷磷酸化酶多样化》的补充信息，包含实验相关的详细资料、原始数据及计算结果，支持论文研究内容的复现与验证。 文件详解 文件名称：SI_Me-nucleosides_ChemRxiv.pdf 文件格式：PDF 内容：包含作者贡献、实验步骤及补充项等文本信息...
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文章_Ions_at_electrochemical_interfaces_From_explicit_to_implicit_molecular_sol...
数据集概述 该数据集包含支撑文章《Ions at electrochemical interfaces: From explicit to implicit molecular solvent descriptions》图表生成的输入文件与处理后数据，涵盖模拟输入文件及图表用数据，为电化学界面离子溶剂描述研究提供数据支持。 文件详解 文件名称:...
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组胺受体_H1R_H4R_与G蛋白分子动力学模拟数据集
数据集概述 该数据集包含组胺受体（H1R、H4R）与不同G蛋白（Gq、Gi、Gs）形成复合物（H1R-Gq、H1R-Gi、H1R-Gs、H4R-Gi、H4R-Gq）的分子动力学模拟相关数据，涵盖初始蛋白坐标及各模拟的输入输出文件。 文件详解 文件名称：Supplementary_Data_3.zip 文件格式：ZIP压缩包...
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SARS_CoV_2_Mpro下一代抑制剂分子动力学模拟数据集
数据集概述 该数据集为期刊文章配套的分子动力学模拟数据，围绕SARS-CoV-2 Mpro下一代抑制剂研究，包含初始坐标与最终输出的PDB文件及模拟输入压缩包，支持相关药物机制分析。 文件详解 PDB格式文件（共48个）： 初始坐标文件：如mpro-FD3-32_initial_coordinate.pdb、mpro-...
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熔融锕系氯化物结构与热物理性质极化力场关联数据集
数据集概述 本数据集为论文《熔融锕系氯化物结构与热物理性质的极化力场》的关联数据，包含用于分子模拟的典型MetalWalls输入文件，所有文件默认设置为NVT模拟，可通过修改运行时文件实现NPT模拟。 文件详解 文件名称: Pireddu2025.zip 文件格式: ZIP压缩包 内容说明:...
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三正丁基磷酸酯外电场机械化学分子动力学模拟数据集
数据集概述 该数据集包含三正丁基磷酸酯在700K、2GPa条件下，被限制在两个氧化铁表面之间，有无外电场时的非平衡分子动力学模拟数据，为研究磷酸酯的外电场机械化学特性提供支持。 文件详解 文件名称: 700K-48xTNBPs_2xFe3O4_2GPa.zip 文件格式: ZIP（压缩包） 压缩包内包含:...
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聚合物_脂质溶液分子动力学模拟的RNN预测数据集2022
数据集概述 本数据集包含用于研究聚合物-脂质溶液分子动力学模拟的文件与脚本，涉及GROMACS拓扑结构、初始结构文件，以及用于计算相互作用能、PyTorch模型训练和期望最大化聚类的脚本，还包括势能与相互作用能时间序列数据及相关预印本。 文件详解 GROMACS相关文件： DSPE+PEG.top：GROMACS拓扑文件，描述DSPE-...
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蛋白质构象空间探索数据集20240916_v1
数据集概述 本数据集围绕基于GoMartini 3描述符的高效TlCA特征集，探索蛋白质构象空间，包含相关文档与代码文件，为蛋白质结构分析提供支持。 文件详解 Supplementary.pdf: PDF格式文档，可能包含研究背景、方法细节或补充分析等内容 CODE.tar.xz: XZ压缩格式的代码包，可能包含用于数据处理或构象空间分析的源代码...
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DPPC_Berger_OPLS06_NaCl分子动力学模拟数据集
数据集概述 本数据集包含使用OPLSAA兼容的Berger-DPPC-06力场进行的、含150mM NaCl的完全水合DPPC双层膜分子动力学模拟轨迹及相关文件，模拟条件为323K、72个脂质分子、2880个SPC水分子及8个Na和Cl离子，轨迹时长120ns，分析了最后60ns数据。 文件详解 模拟配置文件：...
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人参皂苷G_Rg1的C_20葡萄糖基分子模拟数据集
数据集概述 本数据集包含针对人参皂苷G-Rg1的C-20葡萄糖基的分子对接与分子动力学模拟数据，围绕野生型及工程化DUase β-葡萄糖苷酶与底物的结合动态及构象变化展开，覆盖50纳秒模拟过程的关键时间点数据。 文件详解 文件名称：Simulation files-C20.zip 文件格式：ZIP压缩包（.zip） 压缩包内包含两个主文件夹：...
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纤维素活性AA10多糖单加氧酶氧化酶活性机制相关PDB结构数据集
数据集概述 本数据集包含论文《纤维素活性AA10多糖单加氧酶氧化酶活性机制》相关的PDB格式结构文件，主要为QM/MM优化后的所有中间体及过渡态结构，涵盖QM区域与完整酶结构。 文件详解 文件名称: pdbs.zip 文件格式: .zip（压缩包） 内容说明:...
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β2肾上腺素能受体羧基末端功能与动力学分子模拟数据集2023
数据集概述 本数据集是与论文《β2肾上腺素能受体内在无序羧基末端的功能与动力学》相关的分子模拟数据，包含用于3D可视化的分子动力学轨迹文件及补充说明文档，支持对β2AR CT可变接触的结构分析。 文件详解 文件名称: summary.pdf 文件格式: PDF 内容说明:...
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氯化钠电解质平衡分子动力学模拟数据集
数据集概述 该数据集包含氯化钠电解质系统平衡分子动力学模拟的输入、输出及工作流文件，基于Gullbrekken等人2023年发表于《J. Phys. Chem. B》的研究修改，用于展示使用STACIE的电导率计算案例，技术细节见README.pdf。 文件详解 文件名称：README.pdf 文件格式：PDF 内容说明：提供完整的技术描述文档...
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蛋白质_蛋白质对接用于PROTAC发现数据集
数据集概述 该数据集围绕基于结构的PROTAC设计展开，聚焦于评估蛋白质-蛋白质对接工具对E3连接酶与靶蛋白结合界面的预测准确性，涉及BRD4BD1-CRBN、BRD4BD2-VHL等复合物及HADDOCK、Rosetta、ICM三种对接工具。 文件详解 文件名称: Zenodo_Final.pdf 文件格式: PDF (.pdf) 文件内容:...
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基于OpenBabel的高效构象识别基准工作流数据集
数据集概述 本数据集为构象识别研究的基准工作流数据，包含寡噻吩和Y6分子的构象搜索输入文件、输出文件及能量计算结果，覆盖不同计算方法生成的构象几何文件、能量摘要等内容，用于支持相关研究的复现与分析。 文件详解 该数据集由两个压缩文件组成，内部按分子类型和搜索方法分类，具体说明如下： - 压缩文件: -...
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YDS_Upload_15_Based_分子动力学模拟多类型数据完整集合
数据集概述 该数据集包含17个文件，涵盖图片、数据表格、代码、配置等多种类型，核心内容涉及分子动力学模拟相关的分析结果，如RMSD、ICRMSD、TFD等指标的数据及可视化图表，为相关计算模拟研究提供数据支持。 文件详解...
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YDS_Upload_19_Based_分子模拟多类型数据标准化分析数据
数据集概述 该数据集包含18个文件，涵盖配置文件、代码文件、栅格图像、数据文件等多种类型，主要涉及分子模拟相关的参数配置、结果图像及数值数据，为分子模拟分析提供多维度数据支持。 文件详解 配置文件： env.yaml：YAML格式，可能包含环境配置参数 代码文件： main.py：Python格式，可能为数据分析或处理的主程序代码...
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四氧化三铁与二氧化硅纳米颗粒水体系模拟数据集
数据集概述 该数据集包含由HydroNanoConstruct工具生成的四氧化三铁（Fe₃O₄）和二氧化硅（α-石英型SiO₂）纳米颗粒分散于水体系的XYZ及LAMMPS格式模拟文件，覆盖不同尺寸与形状（球形、椭球形）的纳米颗粒。 文件详解 该数据集包含一个压缩文件，具体说明如下： - 文件名称:...
