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后生动物水平通用单拷贝直系同源基因在物种界定与分类中的应用数据集
数据集概述 本数据集围绕后生动物水平通用单拷贝直系同源基因（USCOs）展开，验证其作为物种界定与分类分子标记的代表性、分布均匀性及适用性，通过239个染色体水平基因组分析及四个案例研究，证明USCOs可替代或补充单基因条形码，提供更准确的分类推断。 文件详解 描述文件（TXT格式）：...
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北美及夏威夷高倍体紫罗兰物种网络与基因树推断数据集
数据集概述 本数据集围绕北美及夏威夷高倍体紫罗兰（堇菜属）展开，通过基因树推断物种网络，解决多倍体系统发育无法用二叉树表示的问题。包含基因扩增数据、拓扑冲突分析及最简约物种网络构建结果，支持多倍体进化研究。 文件详解 文件名称: Online_appendix_1_BEAST_input_file.xml 文件格式: XML 内容说明:...
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基因树与物种树差异对系统发育树形状和分支时间影响数据集
数据集概述 本数据集围绕基因树与物种树差异对系统发育树形状和分支时间的影响展开，通过模拟和实证分析，探究基因树不一致性是否能解释宏观进化模型预测与经验模式的不匹配，为系统发育分析假设的合理性提供数据支持。 文件详解 该数据集包含一个PDF格式的文档文件，具体如下： - 文件名称: Balance_SI.pdf - 文件格式: PDF (.pdf) -...
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未排序同源性与基因座及物种树数据集
数据集概述 该数据集围绕进化生物学中的同源性概念展开，聚焦分子层面的直系同源、旁系同源与异源同源分类，探讨测序技术发展下多基因座及多物种个体数据对基因与生物历史区分的影响。 文件详解 文件名称：Supplementary Material.pdf 文件格式：PDF...
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具有不同系统发育历史的数据集合并研究数据
数据集概述 本数据集围绕“具有不同系统发育历史的数据集合并”这一主题展开，探讨了系统发育分析中不同数据集（如基因树与物种树）的历史差异对数据合并的影响，并提出了一种处理此类情况的简单方法，包括数据分区、独立分析和综合分析等步骤。 文件详解 文件名称:...
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fairy_wrasses进化辐射的系统基因组学分析补充材料
数据集概述 该数据集为fairy wrasses（Teleostei: Labridae: Cirrhilabrus）进化辐射的系统基因组学分析补充材料，包含基因树、系统发育树、矩阵文件、电子补充材料文档等29个文件，用于支持相关研究的结果验证与深入分析。 文件详解 基因树与系统发育树文件：...
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坦噶尼喀湖慈鲷鱼类物种树估计与基因渗入分析数据集
数据集概述 本数据集聚焦东非坦噶尼喀湖慈鲷鱼类，包含45个物种共522个个体的多标记基因数据，通过新方法分析快速分化谱系中的基因渗入现象，构建稳健物种树，支持进化生物学中适应性辐射相关研究。 文件详解 文件名称：Meyer_et_al_supplementary_information.pdf 文件格式：PDF...
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基因树不一致性_单纯形图与溯祖模型下的统计检验数据集
数据集概述 本数据集围绕基因树不一致性问题，介绍了基于四重一致因子的单纯形图可视化工具，用于探索基因树集合的不一致模式，并与溯祖模型（MSC）的预期不一致性对比，同时提供统计检验方法评估数据与模型的契合度。 文件详解 文件名称: SimplexAppendix_Rev.pdf 文件格式: PDF 文件内容:...
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食蚁哺乳动物口腔解剖平行退行演化假基因研究补充数据集
数据集概述 本数据集为食蚁哺乳动物口腔解剖平行退行演化的假基因研究补充数据，包含DNA序列比对、系统发育树、基因树及PAML分析结果等文件，支持对相关基因演化规律的研究。 文件详解 数据集文件： Supplementary Dataset S1.txt：TXT格式，所有焦点基因和分类群的完整DNA序列比对 Supplementary Dataset...
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甲虫多样性进化与基因组基础数据集
数据集概述 本数据集围绕甲虫多样性的进化与基因组基础展开，包含四个子数据集（Dataset S1-S4），涉及植物细胞壁降解酶相关的基因树、Blast比对结果、候选基因序列及超级矩阵等内容，为甲虫进化与功能基因研究提供数据支持。 文件详解 该数据集包含四个独立的ZIP压缩文件，具体说明如下： -...
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人类致病性RNA病毒非竞争谱系研究补充数据集
数据集概述 本数据集为“人类致病性RNA病毒通过占据独立生态位建立非竞争谱系”研究的补充数据，包含病毒特征、序列信息、突变率、谱系分类等12类表格，以及序列比对、基因树等多类压缩文件，支撑病毒进化与生态位研究。 文件详解 该数据集包含表格文件与压缩文件，具体说明如下： - 表格文件： -...
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SimPhy系统发育基因组模拟软件相关数据集
数据集概述 该数据集包含与SimPhy软件相关的补充材料，SimPhy是用于模拟基因、基因座和物种树进化的系统发育基因组模拟软件，可模拟不完全谱系分选、基因复制与丢失等导致物种树与基因树不一致的过程。 文件详解 文件名称：appendix1.pdf 文件格式：PDF 内容：可能包含SimPhy软件的附录说明文档，提供额外的技术细节或补充信息...
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菲律宾广布种泽蛙基因流与物种界定研究数据集
数据集概述 本数据集为菲律宾广布种泽蛙（Occidozyga laevis）的基因流与物种界定研究数据，包含序列比对、系统发育树、基因树、网络分析结果及补充图表与表格，用于验证基因流对系统发育结构及隐存种估算的影响。 文件详解 核心数据文件： Consensus_and_species_trees.zip：压缩文件，包含共识树与物种树数据...
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蟋蟀属Nisitrus修订及新物种描述的12S基因树标本数据表
数据集概述 本数据集为蟋蟀属Nisitrus修订研究中，用于构建12S基因树的标本信息表。包含Nisitrus属多个物种（含五个新物种）及近缘属物种的标本采集信息、实验室编号、产地及GenBank登录号等核心数据，支撑系统发育分析。 文件详解 文件名称: table.html 文件格式: HTML 字段映射: Species: 物种名称（含新物种sp....
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基因树不一致导致的表观替换率变异数据集
数据集概述 本数据集围绕基因树不一致引发的表观替换率变异现象（SPILS）展开，通过模拟实验与真实数据验证，探讨其对进化分析的影响及解决方案。包含实验结果图表、说明文档和原始数据压缩包，为研究不完全谱系分选（ILS）对分子进化推论的干扰提供支持。 文件详解 该数据集由8个文件组成，具体说明如下： - 图表文件（PDF格式）: -...
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新热带鱼类古老辐射演化中深度节点解析数据集
数据集概述 该数据集围绕新热带电刀鱼（裸背电鳗目）古老辐射演化的深度节点解析展开，包含不同数据过滤方法下的基因树、串联数据集及补充文档，用于探究不完全谱系分选导致的系统发育信号冲突问题。 文件详解...
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异常区附近串联法失效研究数据集
数据集概述 本数据集围绕基因组测序中串联法在物种树构建的失效问题展开，聚焦异常区（因不完全谱系分选导致最常见基因树与物种树不匹配的参数空间）内外，分析似然法与简约法在串联数据上的性能差异，为改进物种树恢复方法提供理论与实验依据。 文件详解 说明文档（.txt格式）：...
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整合序列进化的概率直系同源分析数据集
数据集概述 该数据集包含与整合序列进化的概率直系同源分析相关的补充材料。研究提出DLRSOrthology方法，通过贝叶斯马尔可夫链蒙特卡罗模型计算直系同源概率，综合考虑基因树、物种树 reconciliation及序列信号，对比现有方法表现更优。 文件详解 文件名称: Supplementary_Material.pdf 文件格式: PDF...
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多基因座物种树估计方法评估数据集
数据集概述 本数据集围绕多基因座物种树估计方法评估展开，包含基因树、序列数据、模拟与生物数据压缩包及说明文档，用于研究不完全谱系分选（ILS）对物种树准确性的影响，对比MP-EST、串联法等方法的性能。 文件详解 文件名称: README_for_sequencedata.alignments：文本文件，提供序列数据相关说明 文件名称:...
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狐蝠属生物地理历史研究数据集
数据集概述 本数据集围绕狐蝠属（Pteropus）的生物地理历史展开，通过多基因标记测序与系统发育分析，探究其起源、扩散路径及物种形成机制，重点验证华莱士区作为起源地及奠基者事件物种形成的作用。 文件详解 基因树文件：3-Tsang-Pteropus_gene_trees.pdf（PDF格式），包含狐蝠属各物种的基因树可视化结果...
