数据集概述
本数据集围绕旱獭族地松鼠快速辐射类群的系统发育分辨率展开，通过3950余个超保守元件（UCE）位点，评估4种不同推断方法（RAxML、ASTRAL、NJst、SVDquartets）对系统发育估计的敏感性，以及不同过滤场景下的拓扑结构和支持度差异。
文件详解
- 文档与说明文件:
- README.txt: 文本格式，包含数据集的补充数据和元数据说明，涉及研究背景、作者信息及文件内容概述。
- 系统发育树文件（.nex格式）:
- njst_empirical_trees.nex: 记录NJst方法生成的经验树数据
- astral_empirical_trees.nex: 记录ASTRAL方法生成的经验树数据
- raxml_empirical_trees.nex: 记录RAxML方法生成的经验树数据
- svdquartets_empirical_trees.nex: 记录SVDquartets方法生成的经验树数据
- 附录文件:
- Supplementary Appendix S1.csv: CSV格式，包含样本的分类学信息、机构ID、采集年份及UCE contigs组装数量等字段
- 对齐数据集:
- UCE_alignments_baseline_dataset.zip: 压缩文件，包含基线数据集的UCE序列对齐数据
- 补充图表（.pdf格式）:
- Supplementary Fig. S1.pdf、Supplementary Fig. S2.pdf、Supplementary Fig. S3.pdf: 记录研究相关的补充图表
适用场景
- 系统发育学研究: 分析不同推断方法对快速辐射类群系统发育分辨率的影响
- 基因组数据过滤研究: 评估不同信息含量过滤策略对系统发育估计一致性的作用
- 进化生物学分析: 探究快速辐射类群的进化关系及方法敏感性
- 生物信息学方法比较: 比较串联法与溯祖法在系统发育推断中的差异与适用性
