数据集概述
本数据集包含完全水合的DPPC双层膜在1摩尔氯化钠环境下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，采用OPLSAA兼容的Berger-DPPC-06力场，模拟时长120纳秒，分析了最后60纳秒的数据，为研究DPPC膜在盐环境中的结构与动力学提供支持。
文件详解
- 模拟配置与力场文件：
- ffgmx2.hdb：HDB格式，可能为Gromacs力场相关数据库文件
- lipidopls.itp：ITP格式，脂质分子力场参数文件
- dppc.itp：ITP格式，DPPC分子拓扑参数文件
- ions.itp：ITP格式，离子（Na+、Cl-）拓扑参数文件
- topol.top：TOP格式，模拟系统拓扑总文件
- md.mdp：MDP格式，模拟参数配置文件
- md.tpr：TPR格式，Gromacs预处理器生成的二进制输入文件
- 轨迹与状态文件：
- protonated.xtc：XTC格式，质子化状态下的模拟轨迹文件
- md.xtc：XTC格式，主要模拟轨迹文件
- md.edr：EDR格式，模拟能量与状态数据文件
- md.gro：GRO格式，模拟系统坐标文件
- 分析结果文件：
- cl_density.xvg：XVG格式，氯离子密度分析数据
- na_density.xvg：XVG格式，钠离子密度分析数据
- dppc_density.xvg：XVG格式，DPPC分子密度分析数据
- density.png：PNG格式，密度分析结果图片
适用场景
- 生物物理研究：分析盐离子对DPPC双层膜结构的影响
- 分子动力学方法验证：测试Berger-DPPC-06力场在盐环境中的表现
- 膜生物学研究：探究离子与磷脂膜的相互作用机制
- 计算模拟教学：作为Gromacs模拟DPPC膜系统的案例数据
