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人参皂苷F1生产相关多功能糖苷酶分子模拟数据集
2025年12月16日 30 31 14
数据集概述 该数据集包含人参皂苷F1生产相关的分子对接及动力学模拟数据，针对野生型β-葡萄糖苷酶BgDU及其DUase突变体与底物NG-R1、G-Rg1的结合动态及构象变化，开展了四组独立模拟研究，为糖苷酶结构工程改造提供数据支持。 文件详解 数据集包含四个核心文件夹，具体说明如下： - Docking Structure文件夹： -...
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DPPC_Berger_OPLS06_Based_盐环境下DPPC双层膜分子动力学完整数据
2025年12月14日 30 22 8
数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜在1摩尔氯化钠环境下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，采用OPLSAA兼容的Berger-DPPC-06力场，模拟时长120纳秒，分析了最后60纳秒的数据，为研究DPPC膜在盐环境中的结构与动力学提供支持。 文件详解 模拟配置与力场文件：...
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DMPC双分子层Gromos_53A6_Berger脂质200纳秒模拟数据集
2025年12月14日 30 52 43
数据集概述 本数据集包含DMPC双分子层的200纳秒分子动力学模拟数据，采用Gromos 53A6力场与Berger脂质参数构建，系统含128个DMPC脂质与3655个SPC水分子，共16853个原子，模拟前已平衡52纳秒，提供脂质面积与厚度分析结果。 文件详解 模拟配置与参数文件： dmpc.itp：ITP格式，脂质拓扑参数文件 npt-...
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DMPC和DMTAP脂质及其混合物的构型与参数数据集
2025年12月13日 30 36 24
数据集概述 本数据集包含在五十摄氏度下，阳离子型（电荷：正一）DMTAP脂质、DMPC脂质、水及中和离子（必要时）组成的不同系统的构型与参数，覆盖纯DMPC及六种DMTAP比例的混合体系。 文件详解 脂质构型文件（PDB格式）：共十一个，对应不同DMTAP比例的脂质系统，包含脂质、水和中和离子的原子坐标...
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Peter_Tieleman_DPPC_Berger_NaCl_Based_1molNaCl下DPPC双层膜MD模拟完整数据
2025年12月6日 30 144 29
数据集概述 该数据集包含1摩尔氯化钠（NaCl）环境下完全水合DPPC双层膜的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件。采用Berger-DPPC-98力场和Gromos离子力场，模拟条件为323K、72个脂质分子、2778个SPC水分子及51对Na/Cl离子，轨迹时长120纳秒，分析使用最后60纳秒数据。 文件详解 分子动力学参数与拓扑文件：...
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DPPC_Berger_NaCl_scaled分子动力学模拟数据集
2025年12月6日 30 185 85
数据集概述 该数据集包含150mM氯化钠溶液中完全水合的DPPC双层膜的分子动力学模拟轨迹及相关文件。使用Peter Tieleman提供的Berger-DPPC-98力场与Gromacs...
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Gromacs_DPPC_Berger_OPLS06_NaCl_Based_盐溶液中DPPC双层膜120ns模拟完整数据
2025年12月6日 30 123 46
数据集概述 本数据集包含150mM NaCl溶液中完全水合DPPC双层膜的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件，采用Berger-DPPC-06力场与Gromacs 4.6.7生成，离子电荷缩放系数为0.7，提供120ns模拟数据及后60ns分析结果。 文件详解 模拟轨迹文件: md.xtc: 轨迹文件，存储120ns模拟的原子坐标信息...
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PeterTielemanLab_DPPC_Berger_NaCl_1Mol_Based_盐环境下DPPC双层膜动力学完整数据
2025年12月6日 30 72 48
数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜在1摩尔氯化钠环境下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，基于Berger-DPPC-98力场和Gromacs 5.0.4软件生成，离子电荷缩放系数为0.7，模拟时长120纳秒。 文件详解 分子动力学模拟文件： md.gro：GROMACS结构文件，存储模拟系统的原子坐标与拓扑信息...
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小Boc保护赖氨酸环肽的阴离子复合物溶液数据集
2025年11月29日 30 42 37
数据集概述 本数据集记录了含Boc保护侧链的四、五、六元赖氨酸环肽与多种阴离子（氯、溴、碘、硝酸根等）在乙腈（MeCN）和二甲亚砜（DMSO）中的结合特性，包含ITC滴定、NMR测试及分子动力学模拟等实验数据，为研究环肽阴离子受体设计提供支持。 文件详解 该数据集按溶剂分类存储实验数据，具体说明如下： - DMSO溶剂实验数据（位于DMSO/目录下）：...
